Oh dear, how « beeeeep »

I do predicted that the quality of this blog will fall vertiginously, just after the decision to let VF comment freely.
Seems that you don’t need an exact mathematical model to do predictions that are verified, factually, in a relatively short time. All you need, is to know your man 😉

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People that followed the exchanges with Fleury in this blog know that he is prone to misread, misunderstand and act on the basis of what he understands, not what was said/written. The more funny episode being the one of Pitx1, where he misread, misunderstood, didn’t read the central paper discussed and when he did accused everybody to be unable to understand chirality and thus compare left and right limbs inadequately; then, contacted Cliff Tabin asking a different question, was triumphant when Tabin answered him that he was right about this other question and accused me to organize misunderstandings. One of a few ones.

There was a series of questions/answers he had posted in his website (unavailable actually otherwise than through Google’s cache) where I had a lot of problems to recognize the questions I asked! About them Agathi wrote:

Before that a general remark. What Fleury calls questions by myself and Oldcola, are caricatures of the questions we asked. Either he is unable to understand plain french or he is intentionally distorting them. Both interpretations are disturbing. I will add here a page with the actual questions that were asked and the distortions he produced as a permanent display of his dishonesty or inability to clearly understand what he is told.

Really, I think he is unable to understand, but one can’t exclude dishonesty, as it is extraordinaire to observe that level of incapacity by a researcher working at a public establishment (CNRS). The first example being the episode with JeanWalker, were he demonstrated inability to analyze/understand a quite simple model, which he claimed to be almost his theory, the last I spotted, being the fact that π*(100)2 is almost equal to 50000 1 (could be 31416 or 98696, it isn’t clear between the spoken and written expressions, but certainly not near 50000). This quite similar to the way he misplaced presumptive vortices L2/R2 over the frames of Weijer’s videos of epiblastic cells movements.

Let’s see some examples of distorted questions.

FAQ 2 (Antoine Bordeaux) Des travaux montrent que ça n’est pas possible de considérer un objet mathématique qui serait « l’adaptation » (« fitness ») en fonction des gènes.

« Antoine Bordeaux », that’s me folks. The question arose as we discussed JeanWalker and the impossibility to use 2D landscapes without setting strict limits of application to describe a particular situation and that for a general application it’s impossible to draw a fitness landscape as function of the possible genotypes. Below you will find my question in french2. That’s what was transcribed by Fleury as : « Works show that is impossible to consider a mathematical object that would be (desrcibe) fitness as function of genes. » 😀 Concerns about the n-dimentional space of selection parameters, relative fitness of genotypes (and not genes) in respect to other genotypes simultaneously available, and the impossibility to predict what genotypes will appear in the future just vanished.

FAQ 4 (Antoine, Bordeaux) Vous dites ignorer complètement les modèles stochastiques d’évolution, comment osez vous réfuter des théories que vous dites ne pas connaître?
You say that you ignore stochastic models of evolution, how dare you refute theories you said you ignore?

Fleury clearly stated the he ignored the scientific literature demonstrating the lack of directionality in evolution, both theoretically and empirically. On the other hand, he claims that there is a directionality in evolution, superposing his model to the history of evolution (single run) and subtitling his book « the arrow of evolution ».

This is clear denialism from ignorance. Fleury rejects them simply because the morphogenics component isn’t in the first row, unable to understand that this is just a component and can’t account for anything else than a part of the problem of selection.

I suspect that this « question » followed an addendum at Attrape Couillon (Caching Idiots)3.

FAQ6bis (Antoine Vekris Bordeaux) : êtes-vous franc-maçon? Etes vous dans une loge maçonnique avec Jean Staune?

Let’s see what was said in the comments4: « Agathi was wandering if Vincent Fleury and Jean Staune were in the same sect, lodge, organisation… And I answered: Fleury and Staune freemasons? You’re kiding! I think they have standards that should exclude Staune. Or I overrate them.
Fleury, why not? Hello, Fleury, what are you think about that?
 » The case is simple and eloquent.

FAQ23 Punch and Judy (Bordeaux). Il y a des gènes dont l’inhibition réduit les embryons en bouillie, est-ce que ça ne réduit pas votre théorie en bouillie?

This one is probably the worst of all. While discussing on Sur-la-Toile, Fleury wrote5:

§2 of the quote below: Once it’s gone, the pole is reduced to a pulp by the movement…

The full quote I used to illustrate a lot of cases where a disorganization of body plan is obtained by knocking-down gene expression, as Fleury pretends that molecules can’t interfere with/stop gastrulation’s movements. In one occasion I wrote:

The movement doesn’t reduce anything to a pulp, on the contrary absence of expression of certain genes seem to effectively « reduce to a pulp » the animal. But not only the animal, some points of view also 😉

« Reduce to a pulp » making reference to the « dissociate » class of phenotypes observed in C. intestinalis when transitional suppression of some genes was performed. Fleury made a fuss over the improper use of the expression « reduce to a pulp » by poor biologists who don’t understand how to speak properly, but physicist do, and transposed my objection toward his theory, instead of his « points of view« , that is genetics denialism in fact. The use of quotes and italics is beyond Fleury’s undestanding and I should know better than using subtleties while addressing him. Quite difficult to have a discussion that way, don’t you think?

This particular case is a mix between dishonesty and misunderstanding. He never apologized to accuse us improperly to use a fuzzy vocabulary, once I made clear that it was his own vocabulary I used (in an effort to make it more accessible to him?). And of course he never commented on the fact that morpholinos-induced-gene-knockdown disorganized the body plan, what he had said previously was impossible:

FAQ25 Punch and Judy (Bordeaux). Le gène PitX1 n’est exprimé que dans la patte. Quand on l’exprime dans l’aile du poulet, l’aile prend des allures de patte, or votre modèle prédit une symétrie miroir. Qu’est-ce que vous en dites?
The gene PitX1 is expressed only in the hindlimb. When it is expressed in the forelimb of the chick, the forelimb looks like a hindlimb, but your model predict a mirror symmetry. What’s your comment on that ?

Well, the Pitx1-infected wing is a nice model (not a mathematical one, not an hypothesis, just plain wet biology here) demonstrating the role of Pitx1 in the specification of the hindlimb identity. My comment to present this paper was5:

Quite interesting this observation: ectopic expression of Pitx1 change the orientation of the forelimb which looks like the one of posterior limbs. The expression of a gene able to change the orientation of a limb… Not completely, but sufficiently to ask questions about theories « purely physical ».
As those are experimentations published in 1999, on the animal model used by Fleury, the chick, I suppose he has already a « physical » explanation. Oh in fact! no « bead » here, just a retroviral vector to transfect cells »

I certainly clearly explain that the transform obtained isn’t total, I certainly not speak about mirror symmetry, but who cares? Not Fleury anyway. And don’t ask him « what about genetic determinism of the specification of the limb »? Often that finish with insults.

Once you have ask questions and see how Fleury distorts them, you can certainly not be sure that the questions asked by other people are correctly reported either.

Fleury think that it’s defamatory to say that either he didn’t understood or he intentionally distorted the questions. Whatever I said, at this blog or the fora of Sur-la-Toile was under CC license. A simple copy/paste, without any need to ask for permission, is preferable when you quote somebody, including a link, so there is no distortion or out of the context possible .

Now, this blog will be quite for some time, except the usual reports of e-mail activity password-protected. More interesting thing to read/blog around.

1 – Pythagoras and/or Platonas may have play a role in the effort to find an harmonious expression for 50000.


Si vous pensez le contraire, au lieu de perdre votre temps à commenter JeanWalker, pourquoi ne pas nous dire simplement quels génotypes vous placeriez le long des axes des « x » et comment vous vous arrangeriez pour évaluer leur « fitness » (qui reste fonction des autres génotypes disponibles en lieu et temps, bien entendu, tous les génotypes ne pouvant être dispo) et comment votre graph répondrait aux variations des critères de sélection (non pas seulement en termes d’intensité, mais aussi en termes d’apparition/disparition) ou aux catastrophes ?

Je pense que ça serait une bonne chose si vous commenciez à réfléchir à la question et que vous ne reveniez plus nous en parler avant d’avoir au moins réussi à répondre à la question « quels génotypes sur l’axe des ‘x' ». Nous aurons la paix jusqu’à la fin de l’univers à mon avis. Et après vous pourrier nous expliquer comment vous sélectionnerez les formes à placer en « y » puisque vous pensez que c’est une bonne approche pour votre problématique.

En essayant de décider des génotypes à utiliser, vous pouvez réfléchir également à la question de quels génotypes sont présents en un lieu et espace; ça ne sert pas beaucoup pour les « formes » mais c’est essentiel pour estimer la « fitness » qui est une mesure relative; le graph sur les extinctions massive était là pour vous rappeler ce petit problème, des extinctions vraiment massives (80-90% des espèces) ayant eu déjà lieu et pouvant survenir dans l’avenir.

Si en tenant compte de ses éléments vous réussissez d’une part à définir l’espace n-dimensionné nécessaire et d’autre part à prouver qu’il répond aux conditions nécessaires pour une analyse ergodique vous aurez rendu service. Mais ne venez pas prétendre que c’est possible juste parce que ça vient de vous traverser l’esprit. C’est une hypothèse aussi gratuite que de prétendre qu’un dieu quelconque vous a donné un coup de fil pour vous dire que c’était le cas. Je ne connais que les travaux de Lloyd Demetrius proposant une approche ergodique de l’évolution d’une population (espèce unique). Il montre bien que la direction peut être positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et des contraintes écologiques. Oups ! « positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et les contraintes écologiques », ça ne doit pas vous plaire ça.

Si on « attaque » le problème en expérimental on obtient des résultats analogues, c’est ce que montre le travail d’Olin Silander, publié il y a à peine un mois. Mais ce n’est pas une analyse théorique exacte l’expérimental, juste des données réelles, vous n’allez pas vous arrêter pour des détails, n’est-ce pas ?

C’est d’ailleurs globalement inintéressant pour vous, puisque la forme n’est pas traitée.

Mais ça pourrait vous aider à comprendre que en ce qui concerne le biome il n’y a pas de directionalité autre que celle que la Sélection Naturelle peut imposer et comprendre en quoi le graph d’extinction des espèces est intéressant : il correspond à un échantillonnage limitant la biodiversité et les populations, remettant de temps en temps l’aléatoire en haut du panier


Oh ! je suis en train de relire le post du “09-06-2007 à 16:35″ de Fleury sur “Evolution biologique”, que j’avais laissé tomber à “Cependant, concernant le fond du débat, je m’excuse, mais le modèle figure dans mon livre…“, la suite des mots “dans mon livre” étant le mantra principal de Fleury, auquel on devient rapidement allergique. Je tombe sur :

Moi je ne connais pas la littérature sur les modèles statistiques d’évolution, si ça fait seulement un mois qu’on se préoccupe d’ergodicité, franchement, les bras me tombent.; qu’est-ce qu’ils ont fait jusque là, je me le demande.

C’est ahurissant ! Le mec cause d’un sujet qu’il dit publiquement ignorer. Et en plus il n’a pas été lire la littérature mentionnée. D’ailleurs il n’a même pas lu ce que j’ai écrit. Le “publié à peine un mois” n’est pas le travail de Demetrius mais de Olin Silander qui est un travail expérimental dont les résultats sont en accord avec les prédictions du modèle darwinien et appuient le modèle de Demetrius. Je crois que j’ai été suffisamment clair en écrivant :

Je ne connais que les travaux de Lloyd Demetrius proposant une approche ergodique de l’évolution d’une population (espèce unique). Il montre bien que la direction peut être positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et des contraintes écologiques. Oups ! “positive ou négative ou aléatoire en fonction des tailles des populations et les contraintes écologiques”, ça ne doit pas vous plaire ça.

Si on “attaque” le problème en expérimental on obtient des résultats analogues, c’est ce que montre le travail d’Olin Silander, publié il y a à peine un mois. Mais ce n’est pas une analyse théorique exacte l’expérimental, juste des données réelles, vous n’allez pas vous arrêter pour des détails, n’est-ce pas ?

A se demander ce que Fleury connaît de la littérature scientifique qui touche le sujet qu’il s’applique à critiquer. A se demander ce que Fleury connaît de la littérature scientifique. A se demander ce que Fleury connaît. (non, ce n’est pas l’écho, il n’y a pas d’écho sur le blog Sinon ça aurait été dans l’autre sens, n’est ce pas ?) Vous allez voir, il va réinventer la roue un de ces jours (ce qui ne serait déjà pas mal) et il voudra aller la breveter.


agathi, sur septembre 7th, 2007 à 8:56 Said:

je me demande s’ils ne sont pas de la même secte, loge, organisation…

Oldcola, sur septembre 7th, 2007 à 8:59 Said:
Fleury et Staune francs-maçons ? Tu plaisantes ! Je pense qu’ils ont des standards qui doivent exclure Staune. Ou alors je les surestime.

Fleury pourquoi pas ? Allô, VF, qu’en pensez-vous ?


10-01-2007 à 17:27 :

Bon évidemment, mon point de vue a légèrement évolué depuis le premier papier: pour faire un peu plaisir aux biologistes, j’ai laissé le pôle attracteur. Je crois qu’il n’est même pas nécessaire. Le mouvement est générique.

Une fois que c’est parti, le pôle est réduit en bouillie par le mouvement lui-même. De toute façon on ne peut pas sans sortir sans de l’advection diffusion, et quand vous voyez les moulinets que fait la blastula, ça laisse songeur sur le rôle des molécules.

à VF et AR, le 3 octobre 2007 22:08:54 HAEC

M. Vincent Fleury,

I just got complaints from my colleague signing her contributions on the Net by the pseudonym « Agathi » that you continue your postings at the comments of her blog. You’ve being told already that she doesn’t wish any contact with you.

Sometime ago we had the same problem occurring between you and me, with you invading space where you wasn’t welcome.
First, you broke the exchanges at « Sur-la-Toile », asking for a thread to be closed, because I challenged you to publish your ‘theory’ in a scientific journal rather than in a general public book; that was the second call. Later, in a new thread dealing with Jean Staune’s non-sens, your trollish attitude made me leave this space definitively.
Second, in my blog your insults made me ban you.
Third by e-mail, and you were banned.
You seem to be unable to get a personal space to express your points of view and unfortunately I learned that the space your lab was allowing is closed. Setting-up a blog takes less than 5 min and that may be an interesting experience. It will be interesting to have your scientific denialism exposed and accessible for anybody (english would be perfect for that) and you do know that there are a lot of people discussing science over blogs. I think that PZ Myers or Mark Chu-Carroll would be delighted to deal with what you had published in the GMCM webspace (those are the most competent for, but others may join the discussion); or with your book if it was available in english. Stuart Pivar is a typical example of their interest for this kind of books.

This is not an attempt to start over a dialog, just a reminder that whatever exchanges there may be in the future between us, they should be via publication in one or another of the scientific journal dealing with the subject, from who have a ‘theory’ to defend, and that’s you.

Please, if you can’t stand the length of the peer-review process, use a prepublication server; there are a few excellent, e.g. http://arxiv.org/ or http://precedings.nature.com/about/, the second being prestigious and allowing discussions online. There is a « development » section (http://precedings.nature.com/subjects/development). But you really should try to submit a manuscript to PLoS ONE.

So, there is no reason to try to contact « Agathi » or me personally or via the comments of our blogs for any other reason than apologize for your insults, or to provide a pre-print of your manuscripts, or a link to a prepublication. I hope that this is clear enough. Anything else isn’t welcome.

I will appreciate if in the future you address copy of any message sent to me or « Agathi », from the facilities of the University of Rennes 1 (discernible by IP and/or e-mail address domain), to your lab’s head, actually Mme Renault; I will do the same for my messages addressed to you.


PS I enjoy your presentation at Namur (2006); a lot of facts there.


Je viens de faire un nouveau dossier dans « Vincent Fleury », nommé « mauvaise foi », pour y consigner les exemples qu’il donne. En voici un joliment illustré :

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mauvaise foi affichée :-)

A fréquenter des gens de « mauvaise foi » peut-on développer de la « mauvaise foi » ? l’attraper comme une maladie infectieuse ? Probablement, ce qui rend Vincent Fleury infréquentable, déjà affecté au point de pouvoir fréquenter Jean Staune sans crainte de l’attraper.

Accuser quelqu’un de mauvaise foi sans en apporter la preuve ne serait pas très seyant pour un blog propret comme dloale, je me vois donc contraint d’en apporter la preuve, pour vous justifier l’ire d’Agathi, que je croyais au début due au sobriquet de Judy dont Fleury l’affuble, ou à la scatologie à laquelle il s’est essayé. Quand elle s’est calmée suffisamment pour articuler sans émailler son propos de références dignes de la flotte commerciale grecque elle a croassé« va voir FAQ23 et dit moi si ce n’est pas unorifice anatomique dont je ne reproduirai pas le nom‘ ». Quand j’ai lu FAQ23 je me suis dit que c’était un ‘orifice anatomique dont je ne reproduirai pas le nom‘ et avant que je n’appelle Agathi pour l’assurer qu’elle a bien jugé l’individu je lui fait l’amitié d’afficher le pourquoi1. Et tant qu’à faire, je vais aussi libérer ses commentaires2 et laisser ce post public.
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