Vincent Fleury & CompuCell3D

Un aspect particulier des commentaires de Vincent Fleury, ayant trait à CompuCell3D, m’a amusée et je n’ai pas trouvé de réponse récente de la part d’Antoine. Je pense que c’est symptomatique de la façon dont Fleury aborde la discussion et j’ai assemblé deux des mentions pour les commenter moi.



mais n’oubliez pas si vous utilisez votre usine à gaz : faut quand même nous montrer une équation de mouvement basée sur les premiers principes et des champs de morphogène qui soient pas mis à la main (si ce sont de simples conséquences du champ de pression, comme dans le cas du poumon ça vaut pas)

par ailleurs, j’ai cru noter que vous ne savez pas vous même ce que fait votre code, que vous vous en remettez aveuglément à une boîte noire. Faut pas me demander à moi de vous expliquer ce que fait le code. Si jamais il intègre les équations de Newton en cours de route, si ça se trouve, il fait en moins bien ce que je fais analytiquement. Mais j’ai pas de temps à perdre.



PS si vous ne me donnez pas l’équation de déplacement de vos cellules dans vos calculs, vous ne méritez pas le qualificatiof de « pair » que vous vous permettez d’employer. Chacun appréciera votre dérobade constante. Vos petits dessins de gradients à la souris, rentrés dans un logiciel boîte noire, ça va sûrement impressionner vos visiteurs. Mais je ne sais pas dans quel sens.


Voyons d’abord ce que Fleury appelle « boîte noire » :
Il s’agit d’un logiciel Open Source, disponible à quiconque souhaite le télécharger, qu’il soit déjà compilé ou sous forme de code source : CompuCell3D. Plus ouvert que ça, difficile à faire.
En plus, ce n’est pas franchement ce que l’on pourrait qualifier d’inconnu au bataillon, il y a eu plusieurs publications le concernant, un site Web le présentant, des exemples d’application affichés également. Je ne sais pas ce qu’il faudrait de plus à un scientifique comme éléments pour pouvoir juger de la pertinence d’un outil, ou pourquoi quiconque souhaiterait en construire un de scratch puisque le code de CompuCell3D est disponible et qu’il est possible de le modifier pour l’améliorer.

Je ne sais pas pourquoi Fleury pense qu’on lui demande, à lui, d’expliquer ce que le code fait. Il s’est montré incapable de discuter modélisation avec Antoine sur un exemple simpliste, il s’est planté en analysant la situation, l’a accusé de commettre des grossières erreurs, il s’est fait mettre à sa place, celle de quelqu’un d’incapable de raisonner sur un script de quelques lignes et il croit que l’on puisse le consulter au sujet des prémisses et du code de ce qu’il connaît si peu pour le traiter de boîte noire ? Faudrait être vraiment une fieffée conne pour demander l’avis de Fleury sur un tel sujet. D’autant plus que les gens qui ont bâti l’outil, aussi bien les informaticiens, que les physiciens, que les biologistes, sont accessibles.

Le fait est qu’Antoine ne s’est pas remis aveuglement à une boîte noire, mais il a lu les articles qui en parlent, le mode d’emploi qui est un document assez agréable (je me le suis tapé moi aussi). Ce n’est qu’après qu’il a entrepris de l’évaluer pour voir s’il pouvait convenir à l’application qu’il souhaite développer. Il a produit une quantité impressionnante de brouillons où différentes situations ont été reprises et ce n’est qu’à la recherche d’un cas bien connu à reproduire, pour se tester lui-même à ce moment, qu’il a pensé à la gastrulation. Et qu’il a commis l’erreur de se baser sur les descriptifs de Fleury; il a eu un problème, il nous l’a signalé, Fleury s’en est mêlé, la suite est visible sur ce blog.

Fleury a demandé à voir le travail d’Antoine dans un de ses e-mails et la réponse a été :

Si vous reprenez ces observations et que vous utilisez CompuCell3D en y incluant un modèle de chiomiotaxie positive/négative pour fgf8/fgf4 vous aurez les mêmes résultats que ceux que j’ai montré pour le dessin du « mouton » d’Agathi. Je ne vous passerai pas mes fichiers XML parce que ce ne sont que des brouillons d’un apprenti « qui n’y connais vraiment rien », qui dessinait un « mouton » pour une de ses amies. S’il y a une originalité c’est peut-être l’utilisation du système décrit par Ska & Smith (https://dloale.wordpress.com/2007/06/15/a-mechanism-for-the-sharp-transition-of-morphogen-gradient-interpretation-in-xenopus/) (l’accès est libre).

Comme apprenti on fait largement pire !

Ayant dépassé les trois phases d’évaluation, celle du logiciel, celle de la compatibilité logiciel/utilisateur et celle de l’écriture du cahier de charges pour le développement qu’il souhaite entreprendre, il aborde la dernière étape avant de se mettre au travail, qui consiste à obtenir les moyens pour mener le projet à terme. Prudent, il a prévu un mi-temps d’informaticien pour pouvoir travailler le code si nécessaire, un temps complet de bioinformaticien pour la réalisation de l’application et un tiers de son temps à lui; le tout pour une période de 24 mois. Le problème est qu’Antoine n’a pas l’habitude de produire et exhiber des dessins merdiques, il travaille son sujet au mieux avant de commencer à le présenter. Ce n’est pas une dérobade, mais de la conscience professionnelle et l’amour du travail bien fait.

Après avoir découvert Vincent Fleury à travers son site et ce blog, je me demande qui voudrait compter parmi ses pairs. Certes pas moi; je connais l’existence de tels individus en sciences et je ne suis pas fière qu’ils soient mes pairs. Je les évite soigneusement même. Qui voudrait être vu comme aussi incapable de raisonner et brouillon dans ses réalisations, et affichant une telle tendance à ne pas comprendre ce qui est écrit clairement, que Vincent Fleury ?

Sur le site de GMCM, Fleury écrit :

FAQ14 Que pensez vous du site de M. Vekris entièrement dédié à démolir vos travaux?

Réponse: complètement débile, ce monsieur y poste des articles sur la base de leur titre, sans même être allé voir leur contenu. Pire, il est tellement perclus de certitudes, qu’il lit complètement de travers quand ça lui arrive…

Et non, Fleury ne parle pas de lui-même, mais d’Antoine. Mauvaise personne, comme Fleury nous en a apporté la preuve ici même. C’est lui qui ne lis pas, ou lis de travers et il juge les autres d’après ses habitudes pensant que les autres en font autant. Et je trouve que Fleury se débrouille pas mal pour se démolir sans que personne d’autre intervienne.

Ce post sciptum cité au-dessus, et en particulier la phrase « Vos petits dessins de gradients à la souris, rentrés dans un logiciel boîte noire, ça va sûrement impressionner vos visiteurs« , m’a fait rire de bon coeur. Les « petits dessins de gradients à la souris » sont les données que l’on peut extraire des hybridations in situ présentées sur GEISHA, la « boîte noire » un logiciel largement connu (et pas assez largement utilisé à mon avis), et l’objectif n’est pas d’impressionner qui que ce soit, même s’il y parvient. Mais les petits dessins merdiques de Fleury, ils le sont vraiment merdiques et tracés à la souris, n’importe comment et n’importe où. Là aussi Fleury transpose ses défauts aux autres.

Il semble que Fleury prisonnier de la maxime « Les bons ouviers, vous savez, font leurs outils eux-même« , pense qu’il faille réinventer la roue à chaque fois qu’on en a besoin d’une. Et il agit comme si la roue était « la » solution, même s’il s’agit d’emprunter un escalier, je veux dire qu’il ne cherche pas l’adéquation entre ce qu’il fait et les résultats expérimentaux. Je ne pensais pas qu’un physicien pouvait mépriser à ce point les approches empiriques et comme Fleury est le seul exemple d’une telle fermeture d’esprit que je connais pour l’instant, je ne généraliserai pas aux autres physiciens. D’autant plus que les quelques uns que j’ai eu l’occasion de lire autour des mêmes problématiques, Forgacs, Newman, Glazier, semblent, eux, être nettement plus proches de la réalité.

5 Réponses

  1. Antoine, Agathi,
    vous devriez faire un résumé des échanges avec Fleury et l’afficher clairement quelque part. Le cas est d’école pour le scientific denialism et je suis certain qu’il y aura du monde intéressé par le poulain de Jean Staune. Pierre de rosette ! Fascinant.

  2. Certainement quelque chose à venir CD, mais cette fois sur neocrationniste en lien avec Jean Staune qui nous a levé ce lévrier et qui le prenait pour sa « pierre de rosette ». Faudra que je retrouve le chapitre XI de Jean (Staune pas l’évangéliste) pour adapter mon résumé à l’enthousiasme de Jean.

    100% de réussite le bougre pour l’instant, que du bidon ! Etonnant non ?

  3. je me demande s’ils ne sont pas de la même secte, loge, organisation…

  4. Fleury et Staune francs-maçons ? Tu plaisantes ! Je pense qu’ils ont des standards qui doivent exclure Staune. Ou alors je les surestime.

    Fleury pourquoi pas ? Allô, VF, qu’en pensez-vous ?

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