lire & comprendre

Salutations à mes quelques lecteurs fidèles, à ceux qui passent de temps en temps pour voir comment la discussion évolue et à Vincent Fleury s’il passe fortuitement par ici (c’est la seule personne que je connais qui passe devant le blog, voit de la lumière et rentre !)

Les deux derniers jours Fleury nous a fait l’amitié d’une série de commentaires au langage plutôt vert, très peu seyant pour un chargé de recherche du CNRS qui discute des objections émise face à sa théorie1. Agathi craignait qu’il « ait avalé son clavier »à cause d’un bref silence. Il aurait mieux fait de le perdre ce clavier et d’éviter de s’activer comme il l’a fait.

Nous avons déjà eu un aperçu de la façon dont Fleury lit les papiers, ou les posts de ce blog : de façon superficielle, ne comprenant pas ce qui est clairement dit. Ne prenant pas le temps de réfléchir. Ce qui a abouti à sa correspondance avec Tabin et ses protestations disant que j’organise les malentendus. Je ne vois pas en quoi moi je pourrais être responsable du fait qu’il ne comprend pas ce qui est clairement écrit. Je m’attendais après l’épisode « Ptx1 » qu’il s’excuse, d’abord auprès d’Agathi pour son langage scatologique, puis auprès de moi pour m’avoir cassé les pieds sans raison. Il n’en est rien.

Après les cas JeanWalker, Ptx1 et L2/R2, voilà Fleury à nouveau, qui conscient de la valeur du comique à répétition, s’emploie encore une fois à se construire lui même une « trappe » et d’y tomber. Cette fois je ne pense pas qu’il puisse me reprocher quoi que ce soit, ma seule réaction ayant été de lui reprocher sa façon de s’exprimer pour l’instant. Il est temps que je lui reproche autre chose : son incapacité de comprendre un article d’une limpidité exemplaire. Parce que le papier de Manli Chuai et al. est d’une limpidité exemplaire; il est difficile en le lisant de penser que les auteurs auraient organisé un malentendu. Si malentendu il y a, c’est entièrement la faute au lecteur, Vincent Fleury à l’occurrence.

Fleury regarde la vidéo Movie 2 donnée en supplément du papier, et y voit ses L2/R2, certes pas vraiment des vortexes, mais en extrapolant il pense que ça fera l’affaire, son affaire. C’est le même Fleury, auteur de « L’oeuf à l’éternité, le sens de l’évolution », qui a écrit sur un forum de Sur-la-Toile :

10-01-2007 à 15:27 :
Les molécules lanceraient le mouvement et elles ne joueraient pratiquement aucun rôle ?

Etes-vous certain qu’après relecture vous ne voudriez pas changer cette partie de votre message ?

non non, il y a bien des molécules, au moment où commence le mouvement, elles créent un environnement tel que les cellules partent « comme ça » après, les cellules s’alignent et renforcent tellement le mouvement que c’est le mouvement lui-même qui s’entraîne tout seul. A la rigueur, si ça vous paraît incohérent je veux bien retirer les molécules : elles servent « à rien. » La seule chose qui compte c’est d’avoir des cellules qui migrent avec un seuil de rhéofluidification (si le cisaillement dépasse une certaine valeur, ça s’écoule=> passé 50000 cellules le mouvement démarre sur le rond, quand c’est recollé, ça s’arrête, et vous avez un animal complet). Entre les deux y’a pas ‘dintermédiaire. Les gènes ne sont pas en mesure d’arrêter quoi que ce oit, ça tourne dans tous les sens d’une façon démentielle.

(emphasis Oldcola)

en réponse à une de mes questions.

La citation est particulièrement pertinente ici, surtout la partie que j’ai mis en gras. Vincent fleury affiche publiquement un mépris pour la biologie expérimentale qui est impressionnant de la part d’un biophysicien, il dit de ne pas pouvoir accepter que les gènes déterminent les organismes, ne comprend pas grand chose à la génétique et affiche une ignorance de la théorie de l’évolution qui est au mieux amusante, au pire disqualifiante pour discuter le sujet.

j’espère que vous avez regardé attentivement la vidéo qui fait exulter Vincent Fleury.

Maintenant un petit cours d’analyse d’article adressé à Vincent Fleury essentiellement; je ne pense pas qu’il y en ait d’autres de mes lecteurs habituels qui soient incompétents au point que je sois obligé de les guider pour lire un papier.

Commençons par ce paragraphe :

It has been suggested that intercalation of cells during gastrulation is under the control of the Wnt mediated planar polarity pathway. Ligands specific to the planar-polarity pathway, e.g., Wnt5 and Wnt11 are expressed, Wnt 5A in the outer area opaca and Wnt 11 throughout the epiblast and hypoblast of the area pellucida in pre streak embryos (Chapman et al., 2004 and Skromne and Stern, 2001). To investigate the possible involvement of the planar polarity signalling pathway, we expressed a Xenopus dominant-negative Wnt11 construct, that effectively inhibits convergent extension in Xenopus (Tada and Smith, 2000), in the early chick epiblast and investigated the effects on cell movement and streak formation. The primitive streak initiated normally in almost all cases (9/10) and the initial vortices of cell movement in the epiblast were normal (Figs. 4C, F). However, although the streak formed and elongated, it extended primarily in a posterior direction, resulting in massive posterior-directed cell movements normally not observed in control embryos (Fig. 4I). These data suggest that Wnt11 signalling, while not absolutely necessary for primitive streak initiation and elongation, could be involved in anterior streak extension. Anterior and posterior streak extensions are experimentally separable, as we have shown previously using local inhibition of actin-polymerisation by applying beads soaked in the inhibitor Latrunculin A (Cui et al., 2005).

Les effets du « Xenopus dominant-negative Wnt11 construct » invalident clairement l’opinion de Fleury quant aux effets des molécules sur le déroulement de la gastrulation. Entre l’opinion de Fleury et les résultats expérimentaux le choix est simple : les résultats expérimentaux.

Regardons la figure 4 du papier où ils montrent ses résultats : 0small.jpg
clic pour l’original

et lisons également sa légende :

Fig. 4. Expression of dominant-negative Wnt11 does not inhibit streak formation, but inhibits the anterior extension of the primitive streak. (A–C) Bright-field image, fluorescence image and cell tracks of cells expressing a dominant negative Wnt11 construct. Tracks are calculated over 4 h, 4 h after transfection at stage XIII. (Size bar in panel A is 0. 5 mm). (D–I) Same images after 9 and 18 h from the beginning of the recording respectively. Long before streak formation becomes visible the initial characteristic counter-rotating vortices are visible. However, once the streak forms (G–I), it does not extend anteriorly, the streak elongates by adding more cells to its posterior end.This change in behaviour is reflected by the cell tracks pointing backwards towards the bottom of the streak (I), where they appear to join in the streak. The movement of the cells over the last hour is shown in green. (see movie 2). The white line in panel G indicates the position of the streak with the tip of the streak pointing slightly up and to the right. (emphasis Oldcola)

La perturbation du déroulement normal de la gastrulation par l’expression du dominant négatif Wnt11 de xénope est flagrante quand on compare le contrôle (movie 1) à l’essai (movie 2).

Le comique est situé au fait que Fleury doit penser que movie 2 est le cas normal, y voit des cellules qui convergent vers la partie arrière du sillon, ne sait pas de quoi il s’agit, et pense avoir enfin trouvé ses L2/R2, en extrapolant un peu quand même.

Je pense que ce pauvre Vincent Fleury n’a pas lu le papier, ou s’il l’a lu il ne l’a pas compris, et qu’il a simplement regardé les vidéos, vu quelque chose qui ressemblait vaguement à ce qu’il voit dans son modèle et exulte bêtement ne s’étant pas rendu compte du shift conceptuel. Bien plus grave que le shift des flux cellulaires. Bien plus grave que ses assertions erronées concernant la non synchronicité des vidéos que je discutais.
Faire étalage d’une telle incapacité de lire un papier, au milieu d’injures, pourrait être considéré simplement pathétique. Mais je n’ai plus de compassion pour Vincent Fleury, pas après la série de bourdes qu’il a affiché aux forums de Sur-la-Toile ou ici et sa véhémence.

Vincent Fleury, je vous conseille vivement d’apprendre à lire et comprendre ce que vous lisez. Il n’est pas impossible que par la suite vous soyez capable de comprendre ce qui vous paraît pour l’instant incroyable en biologie. En attendant essayez d’éviter de faire étalage de votre façon brouillonne d’aborder la discussion qui vous conduit à des situations fort peu honorables pour vous d’abord (mais c’est votre problème) et vos collègues du CNRS.

Vous vous targuez de 15 ans en morphogenèse et 5 ans en développement, vous avouez ne pas disposer de données expérimentales personnelles en support à votre théorie (malgré cette longue période) et de vous baser sur les données des autres, puis vous nous faites la preuve que vous vous en servez n’importe comment !

Je n’arrive plus à vous prendre au sérieux. Et je ne pense pas être le seul.

Je me pose sérieusement la question si je dois contacter les responsables de votre laboratoire et l’éditeur d’Organogenesis pour leur signaler la situation et les laisser tirer leurs conclusions. Ca dépendra du temps que je voudrai consacrer à votre cas.

Mon a posteriori concernant les choix des champions de Jean Staune semble se confirmer : dès que quelque chose qui touche à la biologie l’intéresse, il recèle une montagne de problèmes. D’une longue chaîne vous êtes le dernier maillon.


Je vous reviendrai pour répondre aux commentaires de Fleury.

1 – sept 4, 3:52, sept 4, 5:02, sept 5, 9:48, sept 5, 1:11, sept 5, 5:03, sept 5, 6:09

2 Réponses

  1. […] Nous avons vu qu’il n’en est rien de la vidéo 2 de Manli Chuai et al.. Mais il faut croire, en plus, que Fleury serait prescient à se baser sur des papiers postérieurs à ses publications. […]

  2. C’est vraiment dommage qu’il n’avait pas avalé son clavier !
    Il a raté une occasion de Ne pas se rendre ridicule; t’es sans pitié là OldC

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