Ceci est un commentaire, élevé au statut de post, pour y inclure une image (pour l’instant) et les vidéos dont je donne les liens dans un avenir proche, fonctions non disponibles sur WordPress à travers les commentaires. Il fait suite à comment-258. Je le range ainsi à la catégorie « post-it pour Fleury ». Il comporte quatre questions; si VF voudrait répondre, ça serait sympa de signaler à quelle question il répond et s’il souhaite inclure des images je suis toujours prêt à les inclure.


Monsieur Fleury,

réglons d’abord une question technique. La loi oblige les « éditeurs » d’un site Web, y compris d’un blog comme dloale, de tenir un registre des intervenants. Pour le cas où le contenu de leurs interventions serait l’objet d’un litige, par exemple d’une plainte pour divulgation d’identité, ce qui est le cas quand vous « présentez » le patronyme d’Agathi dans vos commentaires. Si je l’édite sous forme de [XXXXXXX edit par Oldcola] c’est autant pour respecter son désir d’anonymat que de vous préserver des conséquence d’une plainte. Si vous pensez que les lois française et grecque sur la question sont fascistes vous pouvez vous adresser à votre député. Me traiter moi de fasciste est aussi déplacé que vos dessins merdiques.
Le flicage que vous m’attribuez est réalisé par la plate-forme de WordPress et il est fort utile par moment quand il s’agit par exemple de refroidir les ardeurs des spammers amateurs. Si vous souhaitez passer à l’anonymat, je vous conseille de vous servir d’un proxy. Si vous ne savez pas comment faire adressez-vous aux services informatiques de votre laboratoire, ils sauront vous conseiller.

Passons à des questions plus proches de la raison d’être du blog.

Vous savez très bien, et si ce n’est pas le cas je le dis encore une fois, que je n’ai rien contre les modélisations mathématiques. Et que j’ai trouvé, initialement, votre modèle très intéressant. Je le prenais pour ce qu’il est, à mon avis, une description des phénomènes observés, sans aucune connexion avec le « comment » ses mouvements sont déterminés. Vos équations ne disposant d’aucun terme permettant de décrire les altérations que l’on peut expérimentalement imposer (par exemple la production de nouvelle conditions locales par la présence de facteurs de croissance).

Ainsi, quand j’ai entrepris à modéliser à mon tour le phénomène, à titre d’exercice, je suis parti de vos descriptions des « flux cellulaires ». Devant l’impossibilité d’obtenir les mêmes patterns j’ai été chercher des données expérimentales pour me baser non plus sur un modèle mais sur des observations. Il a suffit que je trouve quelques données pour que je retrouve des trajectoires assez proches de celles que j’obtenais, et que j’ai pu rapidement raffiner.

J’ai pensé que vous devriez avoir des données supplémentaires qui sont plus proches de votre modèle et je vous les ai demandé. Vous n’avez pas répondu à cette question autrement qu’en produisant deux « dessins merdiques », qui présentent un décalage inacceptable suivant que vous placez les « flux cellulaires » sur les trajectoires des cellules marquées par la GFP ou sur les mêmes plans en lumière visible. Votre explication de décalage temporel sera est traitée comme il convient sur les vidéos que je vais poster tantôt, cadeau d’un ami qui dispose d’outils de traitement qui m’avaient fait défaut en fin de post.

Vous savez qu’il n’y avait pas urgence pour produire ces schémas. Vous auriez pu attendre de revenir dans votre environnement professionnel pour disposer du nécessaire pour produire quelque chose de meilleure qualité. Ce qui ne semble pas être à espérer quand même, en regardant ce que vous avez publié sur le site Web du GMCM, vous schémasétant tracés « à la main » là aussi, superposés à des graphiques ou des images empruntés à GEISHA (sans référence, ce qui est dommage, pour ceux intéressés il s’agit probablement de la photo 246, stage 14).

Vous nous avez ainsi permis de douter de l’exactitude de vos descriptions.

Les deux « vortexes »L2/R2 que vous présentez sur votre site, qui m’ont posé des problèmes, ne sont même pas décrits dans votre papier fondateur (pdf direct link) qui traite des mouvements de l’épiblaste. On devine L1/R1 à la figure 2, mais ça s’arrête là.

Quand vous les positionnez sur des images tirées des vidéos de Weijer ils se baladent d’une façon qui ne fait pas honneur à votre soucis d’exactitude dont vous ne faites preuve que quand il s’agit de calculs analytiques.

J’ai fait l’effort de faire les superpositions des images présentées dans le papier d’EMBO par Dormann & Weijer. Je doute que vous ayez pris le temps de les regarder attentivement. Vous auriez certainement remarqué la synchronisation des mouvements des cellules et des « aspérités » visibles au panel A, ou des vecteurs du panel C, ce qui exclue le décalage temporel que vous évoquez pour justifier le décalage entre les deux schémas que vous proposez.

Dès que j’ai pensé que vos descriptifs étaient inexacts et que j’ai commencé à douter que vous ayez superposé les résultats de vos calculs à des données expérimentales pour valider votre modèle, j’ai cherché à savoir si votre hypothèse de base était valide. A savoir si les cellules suivaient le déplacement de la matrice extracellulaire ou si elles étaient dotées d’un mouvement autonome. Même s’il me paraissait impossible qu’un scientifique ait continué à travailler une modélisation sans avoir au préalable vérifié son hypothèse de base.

Le papier de Zamir EA, Czirók A, Cui C, Little CD, Rongish BJ a été une surprise, une double surprise. D’abord pour l’avoir extrait de PubMed aussi facilement, puis parce qu’il est particulièrement pertinent. En fait le dit papier m’était passé entre les mains, chargé le 15 janvier et lu le 22. Mais à ce moment je ne m’étais pas rendu compte de l’écart entre les données expérimentales qu’ils présentent et votre modélisation. Les mouvement de cellules ne suit pas la matrice extracellulaire au niveau du mésoderme. Montré clairement, de façon élégante, mesuré en fonction de l’avancement du développement temporel du mésoderme et fort agréablement pour moi, en harmonie avec les mouvements cellulaires de mes simulations, soient-elles des brouillons d’apprenti. Vous n’aurez même pas à protester au sujet de superpositions maladroites de ma part, les vidéos présentées montrant le signal ECM et CA acquis simultanément.

Des mouvements cellulaires autonomes invalident votre hypothèse de flux cellulaires génériques suivant les mouvements de l’ECM, qui sont des mouvements de convection, la matrice étant passive, n’ayant pas de moyens de mouvement propre. Les auteurs visualisent l’ECM par un anticorps anti-FN, marqué en « rouge » et les cellules marqués par des fluorochromes liposolubles. Ils prennent soin de démontrer que leur marquage anti-FN ne « touche  » pas l’épiblaste.

Si on se réfère à la figure 6 du papier de Zamir et al., légendée ainsi :

Fig. 6. An ensemble spatial cell velocity map illustrates the dependence of cell-autonomous (CA, green) and total (red) cell speed and directionality on position relative to Hensen’s node. Insets show magnified views of the velocity field: near Hensen’s node (1) and lateral to the PS (2). For reference, a schematic of the PS is drawn along the y axis. Note that vector length is proportional to cell-autonomous speed, so longer arrows indicate areas of greater cell speed.

on voit que le mouvement cellulaire total, que vous décrivez, est la résultante des mouvements de convection et des mouvements autonomes des cellules. Le vecteur résultant (rouge) ne correspond pas à la vitesse du mouvement de convection, qui n’est pas représenté sur le graphique. Mais il est facile de l’obtenir :
zimaketal_6_extrait.jpg
En « a » un extrait de la figure 6, avec entouré le couple de vecteurs isolé en « b », agrandi en « c » et retracé en « d », annoté pour conv: convection, total et CA : Cell autonomous. Il y a une différence de direction non négligeable (~35°), à ce niveau, entre convection et total. Et cette différence est variable en fonction de la position examinée par rapport aux PS et HN.
Si les cellules suivaient un flux hydrodynamique, comme vous dites, ne devraient-elles pas avoir un vecteur vitesse parallèle à conv, de module et direction identiques ?

Une deuxième question, qui est loin d’être anodine pour votre approche de modélisation, est que ces mouvements ne semblent pas avoir de cause mécanique externe; les cellules se déplacent différentiellement par rapport à la matrice extracellulaire. Ils seraient plutôt dus à une motorisation interne, malgré le fait que vous dites que « les cellules ne PEUVENT PAS choisir leurs vitesses de l’intérieur« . Apparemment elles sont capables de choisir la direction de leurs mouvements autonomes et le module de leur vecteur vitesse en fonction (à cause) de quelque chose autre que les mouvements de convection.
Ca me rappelle les exos de physique du genre :

Pour traverser un fleuve de « l » m de largeur, Machin quitte la berge en nageant perpendiculairement à celle-ci. Après « s » sec de nage, il parvient de l’autre côté du
fleuve mais il a dérivé de « d » m.
Calculez la vitesse de Machin et du courant du fleuve par rapport au sol.

Vous ne trouvez pas que ça ressemble (un petit peu) ?.

A quoi seraient dus les mouvements autonomes d’après vous ?


Pourquoi les vitesses observées des mouvements autonomes varient en fonction de la position des cellules ?

Reste à savoir quels sont les termes mathématiques de votre modèle qui correspondraient aux mouvements de convection et aux mouvements autonomes si votre réponse à la « question 1 » est non.


je reviens brièvement sur els vidéos de Dormann & Weijer. Et la légitimité de superposition des panels A et D, tels que je les ai présentés. Vous semblez dire qu’il y a des écarts de temps tellement importants qu’ils justifieraient les écarts des trajectoires des « flux cellulaires » que vous avez proposé.

J’ai pris le temps de faire la superposition en vidéo, avec l’espoir qu’un fin observateur des mouvements cellulaires comme vous aurait remarqué la synchronisation des mouvements des cellules marquées à la GFP et les quelques « aspérités » que l’on observe sur les images du panel A (D overlay A) et la synchronisation des mouvements des mêmes cellules, avec les vecteurs présentés en panel C (D overlay C). Soit vous n’avez pas pris le temps de regarder attentivement les vidéos (ce qui ne m’étonnerait pas, votre souci principal étant d’expliquer le positionnement « au petit bonheur » de vos « flux cellulaires », soit vous êtes loin d’être un fin observateur, les deux n’étant pas exclusifs. Je ne disposais pas des outils nécessaires pour « isoler » les séquences qui montrent la synchronisation et j’avoue avoir eu la flemme de faire une annotation frame par frame pour palier vos déficiences. J’ai bénéficié de la complicité d’un ami qui m’a préparé les vidéos que je vous propose ici. Elles sont basées sur 15fps.mov

Deux régions de « D overlay A » et « D overlay C » quasi équivalentes, ont été isolées, mises côte à côte et sont présentées soit à la taille initiale (5,6 Mo now 572 Ko), soit agrandies (facteur linéaire ~2,27; 27,8 Mo now 1,5 Mo, c’est plutôt longuet à charger) pour éviter aux uns et aux autres de se crever les yeux. En prime 15fpsyep2compressed. Je pense qu’il ne reste pas de doute quant au fait que les panels A et D sont synchrones. Est-ce que vous voyez mieux ainsi ?

Enfin, les vidéos sont disponibles pour tous et j’espère ne pas avoir à discuter à nouveau de la synchronisation des quatre panels (je ne parle pas de vous M. Fleury, mais d’autres personnes qui auraient eu un doute).

Ceci étant, la question se pose à nouveau, pourquoi vos « flux cellulaires » sont déplacés autant pour que sur le panel D soient extérieurs à la « poire » et sur le panel A intérieurs

? Evitez à vous précipiter pour donner une réponse à cette question, pour éviter les « dessins merdiques » et si vous avez des graphiques superposés à des acquisitions d’image je suis prêt à les héberger le temps que vous récupérez de votre crash de disque dur.
D’ailleurs, je me demande pourquoi aucun des examinateurs de vos papiers chez Organogenesis n’a demandé ce genre de vérifications de votre modèle, une simple superposition du résultat de votre calcul à des observations.


10 Réponses

  1. Alain, un bisou et une pinte pour les vidéos.

  2. Il va finir sous la table, lui en ai promis plusieurs.

    Je suis en train d’essayer de réduire la taille de la meilleure, elle fait plus de 70 Mo

  3. Si les cellules suivaient un flux hydrodynamique, comme vous dites, ne devraient-elles pas avoir un vecteur vitesse parallèle à conv, de module et direction identiques ? [question 1]

    mais non ça dépend complètement de où vous êtes
    l’équation de Stokes est linéaire en termes de sources, les cellules ont un mouvement « propre » si vous voulez, et un mouvement d’advection dans le mouvement créé par toutes les autres, ça provient de la linéarité du laplacien vectoriel ; imginez une voiture qui roule sur un bateau, pourquoi voulez vous que la vitesse de la voiture soit colinéaire avec celle du bateau,
    vous partez vraiment de tellement loin, c’est pas facile de discuter avec des gens comme vous

    vos ne comprenez même pas le sens de « flux hydrodynamique ». L’hydrodynamique ce n’est pas une science qu’on pourrait opposer à la biologie, c’est l’écriture-même de la relation entre les forces et les champs « taux de déformation ». S’il y a un taux de déformation alors c’est une équation de la forme sigma=F(epsilon point) qu’il faut considérer, c’est à dire une équation « hydrodynamique ». C’est juste la loi de Newton. Vous pouvez pas y échapper, c’est pas un truc sorti d’un chapeau pour faire plaisir parce que je suis physicien

    A quoi seraient dus les mouvements autonomes d’après vous ? [question 2] ben les cellules tirent avec des lamellipodes et filopodes, j’ai déjà répondu dix fois à ça, c’est même dans le papier organogenesis. Y’a peut^tre des effets de courant ioniques. C’est pas important ce qui compte c’est le vecteur impulsion résultant. en gros, elles vont tout droit, « dans une boôite de petri », mais elles ne sont justement aps dans une boîte de petri, ce qui nous amène à

    Pourquoi les vitesses observées des mouvements autonomes varient en fonction de la position des cellules ? [question 3] le mouvement que vous qualifiez « d’autonome » s’écrit forcément en fonction de la taille de la cellule, de la viscosité locale, et des conditions aux limites, ça n’a aucune raison d’être uniforme a priori. Dans mon modèle, je les prends alignés sur le croissant de koller-rauber au départ, puis je laisse les cellules être emportées par l’écoulement, les termes de source se balladent, evtermidemment il faudrait en toute rigueur gérer le vecteur « orientation » de la cellule comme un cristal liquide, dans mes dernies calculs (unpublished) je le fais un peu mieux que dans Organogenesis (c’est-à-dire que je traite la question du transport du terme de soruce lui-même)

    ce que je montre c’est qu’avec RIEN comme gradient, on obtient déjà des enroulements qui s’applatissent le long du corps etc. C’est générique, dû au caractère hyperbolique de l’écoulement à t=0

    pourquoi vos “flux cellulaires” sont déplacés autant pour que sur le panel D soient extérieurs à la “poire” et sur le panel A intérieurs [question 4]?

    y’a deux choses.

    1 je tiens à mon point hyperbolique, il existe.

    dans mes articles j’ai décrit les tourbillons ceux dont vous admettez l’existence, et je décris une petite recirculation vers l’arrière. Elle est imposée par les lois de la physique de toute façon, si il y a un vecteur vitesse vers l’arrière, faut bien qu’il y ait un point hyperbolique. Donc mes recirculations existent. CE que vous appelez la poire n’est pas 100% de l blastula, qui est plus étendue que ce que vous croyez (zona pellucida) Evidemment il n’y a pas un grand rouleau énorme en L2 R2 comme pour L1 R1, il existe virtuellement, comme solution mathématique à l’extérieur de la blastula, mais dans la zona pellucida il est déjà bien là, d’ailleurs le film movie 2 de l’autre papier de weijer le montre très bien. J’insiste très bien, si vous le voyez pas, on voit pas la même chose
    Après, il y a un engouffrement des cellules tandis que le sillon est ouvert, la somme des mouvements des cellules forme un tourbillon plié vers l’intérieur, et c’est ça qui éloigne la queue vers l’arrière.

    2-En suite le PS se referme et l’enroulement se poursuit en formant les pattes comme dans les dessins « limb anlagen ».

    Le point hyperbolique est intérieur à la poire, tout à fait sur le bord, au milieu du croissant de Koller, exactement comme décrit dans weijer, mot pour mot, allez voir, et exactement comme décrit dans mes articles, qui sont à la fois exacts, et antérieurs, désolé. Le point de nucléation du premier sillon est le centre du croissant de Koller, je ne l’invente pas, c’est déjà dans les papiers de Callebaut et al bien avant Weijer. Et weijer ne fait que confirmer. Autour de ce poitn de nucléation, ça part vesr l’avant et vers l’arrière. Cette double direction est uen conséquence des lois de conservation de l’hydrodynamique, ça na RIEN à voir avec des morphogenes

    ma seule différence est que pour pouvoir faire un calcul analytique, j’ai considéré le croissant de koller-rauber comme droit, alors qu’il est courbe, c’est discuté dans mes articles (le cas courbe je vous le fais quand vous voulez avec un ordinateur, mais les calculs analytiques y’a que ça de vrai).

    Je réponds, juste parce que je suis trop bon, vous savez quelle raison ai-je au fond de répondre aux injonctions d’un type comme vous???

    Ecrivez moi la vitesse d’une cellule en fonction des morphogènes svp au point d’apparition du croissant de Rauber et même partout SVP, si si, je veux voir si ça respecte les lois fondamentales de la dynamique,

  4. Vincent Fleury,

    je ne pense pas que vous essayez de répondre parce que vous êtes bon, mais parce que les questions sont posées en public, en dehors d’un cadre où vous pouvez intervenir n’importe comment (voir SLT) et que vous n’avez pas intérêt à ce que l’on ne vous vois pas répondre ou que je décide de poser les questions à travers d’autres canaux (ce que je ferai si je n’ai pas des réponses satisfaisantes de toute façon).
    J’espère que vous avez également noté que plusieurs requêtes chez Google dirigent vers ce blog et qu’il sera difficile de l’ignorer dans les mois à venir.

    Votre commentaire précèdent [tue, Sep 4, 2007 at 3:52 PM] est suffisamment ordurier pour que je ne le laisse pas passer. Je vous assure la relecture d’un dictionnaire, de votre choix, n’est pas superflue pour revoir la signification de certains mots.
    Mais, votre négation de la génétique et des preuves expérimentales est particulièrement intéressant et je pense que je me déciderai à laisser passer votre commentaire rien que pour qu’il soit exposé. Peut-être en éditant les parties qui n’ont rien à voir avec la discussion, mais pas sur l’original, pour que l’horodatage et le contenu puissent être attestés par WordPress, le cas échéant.

    Concernant vos réponses. Je vois que la [question 5] n’a pas été traitée, encore une fois. Il semble que vous ne disposez pas de données expérimentales qui pourraient être superposées à vos modélisations. Est-ce correct ?

    [question 1] Je pense que votre réponse établi clairement que vous acceptez que les mouvements cellulaires ne sont pas génériques, mais la composante entre un mouvement générique et un mouvement autonome aux cellules. Dans votre modèle je ne vois aucun terme tenant compte des mouvements cellulaires autonomes.

    [question 3] Nous avons souvent évoqué le fait que pour pouvoir écrire vos équations vous faites l’approximation (inacceptable à mon sens durant l’un des processus de différentiation le plus marqué du développement) que les cellules sont identiques. Je considère comme un progrès que vous écrivez clairement ici que les mouvements autonomes sont variables en fonction de paramètres que vos modélisations ne considèrent pas : taille de la cellule, viscosité locale etc.
    Bien entendu il faudrait y ajouter d’autres éléments, je pense que vous en êtes conscient et j’attends de voir comment vous allez les intégrer. CompuCell3D est un excellent outil pour ce genre de travaux, je vous le recommande encore une fois.

    [question 2] Votre réponse, qui arrive comme vous le dites pour la nième fois, n’est pas satisfaisante et vous le savez bien. C’est la cause des mouvements autonomes des cellules et la raison des orientations prises, qui est le sujet et non pas les effecteurs. Vous pensez que ce n’est pas important ? Je pense que vous avez tort d’ignorer sciemment le chimiotactisme, vous vous enfermez dans un négationnisme des données expérimentales qui n’est pas très scientifique; ni très sain à mon avis.
    L’article de Zamir et al. ne montre pas des mouvements dans une boîte de petri, mais chez un embryon. Relisez-le.

    [question 4]
    1/ Nous avions compris que vous tenez à votre point hyperbolique et on ne demande pas mieux que de le voir. Je l’ai déjà réclamé [question 5]. Si je demande à voir L2/R2 c’est pour voir son positionnement par rapport à la région qui donnera les membres postérieurs. S’il est aussi bien positionné que sur les schémas fournis ici je pense que vous aurez du mal à soutenir l’induction du bourgeon à cause des L2/R2.
    Vos références sont aussi imprécises que vos dessins, « film movie 2 de l’autre papier de weijer » est plutôt dur à suivre. Je suppose, que vous faites référence à Cell movement during chick primitive streak formation, Manli Chuai et al. où ils parlent bel et bien de two counter-rotating vortices. A part les six auteurs, les referees et moi, qui sommes d’accord pour dire qu’il n’y a que deux vortexes, je crois que vous êtes le seul à en voir deux de plus.

    2/ Bien sûr, je ne sais pas auquel des 18 papier de Caullebaut M et al. discutant de la gastrulation vous faites allusion et je ne disputerais pas qui a été le premier à décrire les mouvements. Ce qui est intéressant avec les travaux du labo de Weijer est qu’ils illustrent ce qui est avancé pour ceux qui n’ont pas les moyens de reproduire les expériences.
    Une citation de passage du papier de Weijer (avec la référence bibliographique, par pitié) où il discute du « point hyperbolique » et de deux couples de « counter-rotating vortices » clarifierait votre propos. Une recherche du terme « hyperbolique » ne rend aucun résultat.
    La question bien sûr n’est pas si ça « part vers l’arrière » mais si ça forme le couple L2/R2.

    En ce qui concerne votre dernier paragraphe :

    Ecrivez moi la vitesse d’une cellule en fonction des morphogènes svp au point d’apparition du croissant de Rauber et même partout SVP, si si, je veux voir si ça respecte les lois fondamentales de la dynamique,

    Vous vous trompez de personne.
    Vous savez pertinemment que le sujet n’en est pas un qui m’intéresse sur le plan du travail scientifique et vous pouvez toujours lire les travaux de Glazier ou Weijer sur le sujet. Le labo de Glazier a quelques jolis exemples de progression du « primitive streak », de formation des « limb buds » et de segmentation, qui sont à votre disposition sur le Net. Il n’y a aucune raison de m’interpeller bêtement. Ce n’est pas moi qui doit défendre une théorie. Vous le savez bien. C’est vous.
    En dehors de vos inepties concernant la génétique, la biochimie, la biologie cellulaire et la théorie de l’évolution, il semble que vous avez des problèmes avec certains des éléments de base de vos modélisations (et pas que des petits amusements du genre JeanWalker). Si ce n’est pas le cas, détrompez nous.

    Pour l’instant je retiens que :
    a) vous n’avez pas des données expérimentales montrant l’adéquation de votre modèle avec les mouvements cellulaires durant la gastrulation (je pense que si c’est vraiment le cas j’aimerais lire la réaction des éditeurs qui vous ont publié).
    b) que votre modèle, qui est basé sur des mouvements génériques, n’est pas capable de tenir compte des mouvements cellulaires autonomes, quel que soit leur déterminisme et quelle que soit la façon dont les causes varient (c’est pour cela que j’ai souvent caractérisé de simplement descriptif).
    c) que vous n’avez toujours pas donné votre avis quant à ce qui détermine ces mouvements autonomes (pas les effecteurs, les déterminants) et en association avec (a) il serait intéressant de voir quelle serait la réaction des experts du domaine face à vos propos.
    d) que L2/R2 ne sont pas visibles sur le matériel accompagnant plusieurs publications qui discutent la présence de deux vortexes, correspondant à L1/R1.
    e) pour vous, les résultats des travaux d’expérimentation, montrant qu’il y a des morphogènes par exemple (en gradients le plus souvent), ne sont pas à prendre en compte s’ils contredisent vos équations mathématiques, qui, elles, seraient du monde réel contrairement aux expérimentations.

    Je connaissais votre point de vue quant aux généticiens qui auraient tous tort, je vais aussi ajouter les embryologistes dans les gens qui se tromperaient d’après vous.

    Je termine en vous priant d’être moins ordurier dans vos commentaires. Et plus précis.
    Je pense que c’est beaucoup demander, mais je ne désespère pas, surtout pour le plus précis.

  5. mais c’est pas possible,
    vous délirez complètement
    allez voir le papier de weijer mis sur ce post même, le film supplementary data movie2 allez voir, et vous aussi Mme Agathi allez voir. Les faits sont là.

    il y est, le point hyperbolique, gros comme le nez au milieu de la figure,

    les recirculations L2 et R2 y sont aussi, c’est ça qui est la cause de la queue des membres arrières etc. Dans mon article de revue des questions scientifiques il y a une figure pratiquement identique à ce qui est montré dans ce film

    les auteurs ne voient que L1 et R1? parce qu’ils n’ont pas l’habitude de l’hydrodynamique; Ils cityent 2 tourbillons, évidemment, ce sont les 2 plus gros, la recirculation vers l’arrière y est, des deux côtés. si, si.

    y’a que moi qui les voit L2 et R2? Evidemment, ni eux ni vous n’avez compris le problème, qu’est-ce que j’y peux
    faites un effort

    que chacun aille voir, movie2, regarde la recirculation vers l’arrière qui est la cause de l’allongement de la poire (d’ailleurs, si ça n’existe pas, on n’aurait même pas de poire, c’est décrit exactement dans mon article), puis aille voir mes papiers, où tout ça est décrit analytiquement (avant les mesures de weijer!, qu’est-ce que j’y peux, si je suis en avance, c’est pas une raison pour me le reprocher) et conclue pour lui-même
    evidemment que dans mon modèle, y’a un mouvement propre et un mouvement collectif, ça vous passe tellement au-dessus que vous ne comprenez rien
    rameutez qui vous voulez sur votre site à la con, je n’ai rien à craindre

    par ailleurs, qu’il y ait des gradients ok, un peu sûrement, ce que je vous dis c’est qu’avec AUCUN gradient, vous décrivez déjà le mouvement génériquement
    c’est pas le dosage des gradients qui est la cause profonde du pattern
    les cellules peuvent bien pêtre un peu différentes, c’est pas ça qui modifie le point hyperbolique

    c’est pourtant simple

    Mettez mon autre post SVP

    éditez-le si ça vous amuse M. qui se prend pour Big Brother

  6. Fleury,
    ici ce n’est pas un dépotoir pour votre langage ordurier et insultant. Ni le votre ni celui d’un(e) autre d’aileurs.

    Et si vous devez me traiter de Big Brother quand j’édite pour enlever injures et hors sujet la solution est simple : vous n’avez pas la parole ici, définitivement, quoi qu’en disent mes amis, s’il y a dans vos commentaires ne serai-ce qu’un seul mot qui ne va pas.

    Vous avez à votre disposition de l’espace au serveur de l’université de Rennes à ce que je vois et rien ne vous interdit d’en disposer d’un espace personnel si vous souhaitez être ordurier.

    Votre commentaire du « Wed, Sep 5, 2007 at 9:51 AM » est retenu, vous devez le réécrire si vous souhaitez le voir apparaître et il en de même pour celui du « Tue, Sep 4, 2007 at 3:52 PM ». Si vous n’avez pas gardé les textes je pourrais vous les adresser pour épuration.
    Après tout, il n’y a aucune raison pour que je face votre ménage, n’est-ce pas ?

    (j’ai fini par publier les ordures de Fleury, mais le résultat est que le blog est actuellement définitivement clos à tous)-11/09/2007

  7. mais on s’en fout de tout ça
    que tout le monde aille voir le film movie 2

    de l’article

    Cell movement during chick primitive streak formation, Manli Chuai et al.

    le film qui fait 4 megas et quelques,

    et regarde c’est pas des gradients de produits chimiques
    3-il y a un allongement dans les deux directions antero et posterieure
    4-la cause est la présence d’une recirculation hyperbolique autour d’un point de stagnation situé très bas dans la balstula (à droite sur l’image)
    5-tout ça est parfaitement décrit dans les travaux de votre serviteur, antérieurs aux papiers en question, j’y peux rien, si je ne cite pas les papiers du futur
    6-M. Vekris est un gros nul, quand on ne comprend pas la physique, et qu’on ne voit pas des choses aussi simples, en soi, c’est pas grave, on se renseigne et on apprend, mais quand on se croit permis de tenir un site à la con, pour donner des leçons, on a mérité ses insultes.

    vincent fleury

    PS si vous ne me donnez pas l’équation de déplacement de vos cellules dans vos calculs, vous ne méritez pas le qualificatiof de « pair » que vous vous permettez d’employer. Chacun appréciera votre dérobade constante. Vos petits dessins de gradients à la souris, rentrés dans un logiciel boîte noire, ça va sûrement impressionner vos visiteurs. Mais je ne sais pas dans quel sens.

  8. « Concernant vos réponses. Je vois que la [question 5] n’a pas été traitée, encore une fois. Il semble que vous ne disposez pas de données expérimentales qui pourraient être superposées à vos modélisations. Est-ce correct ? »

    j’ai utilisé ce qui existait dans la littérature, cité dans les articles, votre site est plein d’exemples la plupaert postérieures, mais qui vont dans mon sens, le film movie 2 du papier Cell movement during chick primitive streak formation, Manli Chuai et al. montre extrêmement bien le poiint hyperbolique qui est décrit en détail dans tous mes articles. Si vous le voyez pas et eux non plus, c’est pas mon problème.

    « [question 1] Je pense que votre réponse établi clairement que vous acceptez que les mouvements cellulaires ne sont pas génériques, mais la composante entre un mouvement générique et un mouvement autonome aux cellules. Dans votre modèle je ne vois aucun terme tenant compte des mouvements cellulaires autonomes. »

    mais c’est pas possible, vous n’avez toujours pas compris, il faut vous le dire comment, bien sûr que les cellules ont un mouvement autonome, qu’est-ce que vous racontez

    « [question 3] Nous avons souvent évoqué le fait que pour pouvoir écrire vos équations vous faites l’approximation (inacceptable à mon sens durant l’un des processus de différentiation le plus marqué du développement) que les cellules sont identiques. Je considère comme un progrès que vous écrivez clairement ici que les mouvements autonomes sont variables en fonction de paramètres que vos modélisations ne considèrent pas : taille de la cellule, viscosité locale etc. »

    mais non, vous ne comprenez pas, les cellules ont des mouvements autonomes variables du fait même qu’elles sont dans l’écoulement
    ça sort tout cuit de la solution des équations. On peut rafiner autant qu’on veut, mais en prenant simplement des cellules identiques, on crée déjà le pattern du tétrapode, y’a rien besoin d’autre. Je traite évidemment la taille de la cellule, la viscosité etc.

    Je dis simplement qu’en mettant des constantes pour tout ça, on obtient direct le plan tétrapode. C’est pas les nuances de gènes qui en sont la cause. C’est pas plus compliqué que ça ce que je dis . Dit autrement, je vous traite tous les gradients que vous voulez (simple terme a ajouter dans mes équations) mais en écrivant gradC=0 et en ne retenant que les termes constants du 1er ordre, ça fait déjà une grenouille. Qu’est-ce que j’y peux.

    « Bien entendu il faudrait y ajouter d’autres éléments, je pense que vous en êtes conscient et j’attends de voir comment vous allez les intégrer. CompuCell3D est un excellent outil pour ce genre de travaux, je vous le recommande encore une fois.  »
    pas de pb, AUCUN pb pour intégrer des gradients, ça fera des animaux plus réalistes, mais le principe du calcul, c’est le calcul analytique que je donne. pas de temps à perdre avec des usines à gaz. Les bons ouviers, vous savez, font leurs outils eux-même, j’ai pas besoin de votre boîte noire.

    « [question 2] Votre réponse, qui arrive comme vous le dites pour la nième fois, n’est pas satisfaisante et vous le savez bien. C’est la cause des mouvements autonomes des cellules et la raison des orientations prises, qui est le sujet et non pas les effecteurs. Vous pensez que ce n’est pas important ? Je pense que vous avez tort d’ignorer sciemment le chimiotactisme, vous vous enfermez dans un négationnisme des données expérimentales qui n’est pas très scientifique; ni très sain à mon avis.
    L’article de Zamir et al. ne montre pas des mouvements dans une boîte de petri, mais chez un embryon. Relisez-le. »

    pas de pb avec ça, je mets simplement des cellules qui s’étirent dans l’écoulement, ça suffit. Je peux vous mettre des cellules qui s’étirent instantanément, où un vecteur orientateur qui diffuse, ça change pas grand chose. A l’ordre zéro, avec aucun alignement de rien, ça fait déjà les tétrapodes, tout le reste c’est du détail. Vous ne comprenez aps que la forme normale d’un écoulement hyperbolique est générique.

    Attention à l’emploi du mot négationnisme, en général c’est réservé aux tytrannies, aux camps d ela mort etc., là vous parlez de génétique et d’expérience (je crois que ça fait trois fois que vous employez ce mot, ça ne me serait même pas venu à l’esprit).

    [question 4]
    1/ Nous avions compris que vous tenez à votre point hyperbolique et on ne demande pas mieux que de le voir. Je l’ai déjà réclamé [question 5]. Si je demande à voir L2/R2 c’est pour voir son positionnement par rapport à la région qui donnera les membres postérieurs.

    mais allez voir merde, c’est gros comme le nez au milieu de la figure, euh, comme les jambse sur le sacrum.

    S’il est aussi bien positionné que sur les schémas fournis ici je pense que vous aurez du mal à soutenir l’induction du bourgeon à cause des L2/R2.
    Vos références sont aussi imprécises que vos dessins, “film movie 2 de l’autre papier de weijer” est plutôt dur à suivre.

    voir supra,
    voir le film,
    changer tous vos posts, les uns après les autres studieusement.
    Puis s’excuser,
    puis changer la raison sociale de ce post en « site dédié à la théorie de VF ».

    Je suppose, que vous faites référence à Cell movement during chick primitive streak formation, Manli Chuai et al. où ils parlent bel et bien de two counter-rotating vortices. A part les six auteurs, les referees et moi, qui sommes d’accord pour dire qu’il n’y a que deux vortexes, je crois que vous êtes le seul à en voir deux de plus.

    ben oui, c’est pour ça que ce que je fais fait du bruit. Les gens « ne voient pas », par ce qu’ils ne regardent pas comme il faut.

    « 2/ Bien sûr, je ne sais pas auquel des 18 papier de Caullebaut M et al. discutant de la gastrulation vous faites allusion et je ne disputerais pas qui a été le premier à décrire les mouvements.  »

    Très ancien, genre cent ans je crois.

    Ce qui est intéressant avec les travaux du labo de Weijer est qu’ils illustrent ce qui est avancé pour ceux qui n’ont pas les moyens de reproduire les expériences.
    Une citation de passage du papier de Weijer (avec la référence bibliographique, par pitié) où il discute du “point hyperbolique” et de deux couples de “counter-rotating vortices” clarifierait votre propos.

    Maisd il a rien vu, il aurait dû lire mes papiers avant, vous avez qu’à les lui donner.

    « Une recherche du terme “hyperbolique” ne rend aucun résultat. »

    Evidemment, c’est nouveau.

    « La question bien sûr n’est pas si ça “part vers l’arrière” mais si ça forme le couple L2/R2. »

    voir supra

    En ce qui concerne votre dernier paragraphe :

    Ecrivez moi la vitesse d’une cellule en fonction des morphogènes svp au point d’apparition du croissant de Rauber et même partout SVP, si si, je veux voir si ça respecte les lois fondamentales de la dynamique,

    « Vous vous trompez de personne.
    Vous savez pertinemment que le sujet n’en est pas un qui m’intéresse sur le plan du travail scientifique et vous pouvez toujours lire les travaux de Glazier ou Weijer sur le sujet. »

    Ben alors si vous êtes pas capable de fair de la science là-dessus, qu’est-ce qui vous prend de venir m’emmerder?

     »

    Le labo de Glazier a quelques jolis exemples de progression du “primitive streak”, de formation des “limb buds” et de segmentation, qui sont à votre disposition sur le Net. Il n’y a aucune raison de m’interpeller bêtement. Ce n’est pas moi qui doit défendre une théorie. Vous le savez bien. C’est vous.
    En dehors de vos inepties concernant la génétique, la biochimie, la biologie cellulaire et la théorie de l’évolution, il semble que vous avez des problèmes avec certains des éléments de base de vos modélisations (et pas que des petits amusements du genre JeanWalker). Si ce n’est pas le cas, détrompez nous. »

    désolé, je ne vois aps de quoi vous parlez. J’ai aucun problème
    équation de stokes+terme de source statique décrit par le croissant de Koller ou bien + terme de source advecté par l’écoulement

    rien de plus simple, totalement « fermé » scientifiquement, je veux dire clos au sens mathématique.

    Pour l’instant je retiens que :
    a) vous n’avez pas des données expérimentales montrant l’adéquation de votre modèle avec les mouvements cellulaires durant la gastrulation (je pense que si c’est vraiment le cas j’aimerais lire la réaction des éditeurs qui vous ont publié).

    -plein partout ici même

    b) que votre modèle, qui est basé sur des mouvements génériques, n’est pas capable de tenir compte des mouvements cellulaires autonomes, quel que soit leur déterminisme et quelle que soit la façon dont les causes varient (c’est pour cela que j’ai souvent caractérisé de simplement descriptif).

    -mais non vous ne comprenez pas
    c) que vous n’avez toujours pas donné votre avis quant à ce qui détermine ces mouvements autonomes (pas les effecteurs, les déterminants) et en association avec (a) il serait intéressant de voir quelle serait la réaction des experts du domaine face à vos propos.

    -les filopodes, pour faire simple
    -le croissant de rauber

    d) que L2/R2 ne sont pas visibles sur le matériel accompagnant plusieurs publications qui discutent la présence de deux vortexes, correspondant à L1/R1.

    -mais si ouvrez vos yeux

    e) pour vous, les résultats des travaux d’expérimentation, montrant qu’il y a des morphogènes par exemple (en gradients le plus souvent), ne sont pas à prendre en compte s’ils contredisent vos équations mathématiques, qui, elles, seraient du monde réel contrairement aux expérimentations.

    _pas du tout, un gradient =constante à l’ordre zéro, ça suffit à faire les vortex. Les écoulement rotationnels ne dérivent pas d’un gradient (ce ne sont pas des écoulements potentiels)

    Je connaissais votre point de vue quant aux généticiens qui auraient tous tort, je vais aussi ajouter les embryologistes dans les gens qui se tromperaient d’après vous.

    -n’y mettez pas tous ceux qui viennent me voir en me disant « c’est ça »

    Je répète, vous êtes un homme dangereux

    votre site,c ‘est pire que du porno, comme danger pour la jeunesse

    vf

  9. […] – sept 4, 3:52, sept 4, 5:02, sept 5, 9:48, sept 5, 1:11, sept 5, 5:03, sept 5, […]

  10. […] that there are just two vortices at the epiblast’s level during early gastrulation, I added a few comments at an ongoing discussion with […]

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