Que j’explique

Au passant qui passe et qui ne connaît pas l’envers du décor, parce que comme Agathi me le disait, à l’instant, si on débarque on est complètement paumé.

J’ai entrepris l’évaluation de CompuCell3D il y a quelques jours, pour un de mes problèmes qui n’ont rien à voir avec le développement. En fait nous sommes trois à nous y être mis en même temps. Et j’ai fait la connerie de proposer comme sujet d’évaluation la gastrulation. :-)J’avais suffisamment de données sous la main pour y aller relativement vite, la raison de la collection ayant été Fleury. Donc j’ai repris un vieux joujou et je me suis mis à essayer de produire quelque chose qui ressemble aux données expérimentales disponibles sur le sujet.

Comme Fleury avait donné des schémas sur son site et que j’avais lu attentivement un de ses papiers, je suis parti de là. Deuxième connerie. Je me suis servi de deux des schémas de son site (#1 et #2). Impossible d’arriver à les reproduire.

J’ai donc parcouru à nouveau le stock de papiers que j’ai amassé, pour trouver quelque chose qui ressemblait plus à ce que j’obtenais. Je suis retombé sur les données du labo de Weijer, en reprenant depuis le début en fait, de la revue de Lilianna Solnica-Krezel.

Mais autant mes simulations ressemblaient au schéma général proposé et publié par Weijer, autant je m’éloignais des schémas de Fleury.

Donc je lui ai écrit en espérant un complément de données qui me donneraient une assise pour continuer mon évaluation, après avoir rendu l’appel public, au cas où l’un ou l’autre des copains aurait une idée. J’étais persuadé à ce moment que je loupais quelque chose de vraiment important. Agathi a jugé ma démarche idiote, de m’être adressé à Fleury en fait, et elle a commencé à se foutre de ma gueule en me demandant de lui dessiner un « mouton ».

Commence là un échange qui après relecture me paraît vraiment surréaliste.

Les messages échangés par e-mail sont ici, publiés avec l’accord de Fleury.

Pour le lecteur fainéant voici le contenu en résumé (par mes soins)

18 août 2007 14:59:01 HAEC — à : VF Je demande à Fleury s’il a des données expérimentales supplémentaires à celles publiés par le labo de Weijer ou des commentaires sur les écarts entre ce qu’im décrit et ce que Weijer montre.

18 août 2007 18:51:35 HAEC — à AV Fleury propose un commentaire sans répondre à la question concernant des données supplémentaires.

18 août 2007 18:55:28 HAEC — à AV Housekeeping

19 août 2007 19:59:12 HAEC — à VF J’annonce ma déception concernant son commentaire et je pose une autre question concernant le changement de « signe » du mouvement cellulaire, lors du passage au niveau du PS.

19 août 2007 21:47:42 HAEC — à AV Ou il me conseil de ne pas me hâter, de lire son livre et me refait un cours dans le quel je retiens pour le résumé que la description des champs des vecteurs en tant qu’opposés n’est pas rigoureusement exact (je suppose que c’est une réponse quant au changement de signe), que c’est différent, que la formation des pattes a lieu très tôt, que les images de Weiser qui montrent la colonisation de l’espace entre épi et hypoblaste c’est « déjà hypertardif ». Il discute aussi des « gradients chimiques » et il annonce qu’ils ne peut accepter qu’ils expliquent les mouvements cellulaires.

20 août 2007 20:24:28 HAEC — à VF Je lui explique que je me sers de la gastrulation pour évaluer CompuCell3D et que ça va bien pour le niveau mésoderme. Je lui annonce que je n’ai pas son livre sous la main. Je lui dit que je n’arrive pas à retrouver L2/R2, les deux « vortexes » qui sont sensés « former » les « pattes » arrière; ni les « flux cellulaires » vers l’extrémité caudale. Et je fais le distingo entre ce problème particulier et notre différent au sujet de l’évolution et le déterminisme génétique.

20 août 2007 21:11:09 HAEC — à AV Il m’annonce que je perds mon temps en ne considérant pas le problème en tant que problème d’hydrodynamique; m’annonce que ça n’a pas de sens d’écrire une loi du type vitesse=fonction du champ et que pour mes devoirs je devrais m’exercer avec une seule cellule.

21 août 2007 00:12:59 HAEC — à VF Je fais le distingo entre « être » et « ressembler à » un problème de fluidique, j’évoque l’approximation qu’il fait des cellules identiques que je pense être une erreur fondamentale, dit que je ne traite pas épiblaste et mésoderme de façon indépendante mais différente, que je poser le problème en termes de modélisation du comportement cellulaire et non pas de modélisation de gradients, reviens sur la question, annexe, de v=f(g) ou g un gradient, évoque les approches systématiques entreprises et les problèmes de calcul qu’elles posent quand on s’intéresse à quelques centaines de milliers de cellules avec quelques dizaines de variables.

21 août 2007 12:50:02 HAEC — à AV Il m’annonce que mon modèle est du « n’importe quoi », que les cellules ne PEUVENT PAS choisir leurs vitesses de l’intérieur, dit qu’il ne sait pas comment est fait le calcul de déplacement des cellules, mais « à vue de nez » c’est grotesque. Et il annonce (textuellement) : « mais je vous le dis sans fard, si c’est vraiment le genre de chose que vous décrivez, la biologie, ça m’intéresse assez peu ».

21 août 2007 16:03:38 HAEC — à AV Il m’envoie le schéma « pourvekris.jpg« , me demande les formules utilisées pour mes calculs de trajectoires des cellules.

21 août 2007 20:54:32 HAEC — à VF Je lui rappelle qu’il n’a pas répondu à la première question posée, des résultats supplémentaires à ceux de Weijer et al., lui indique que ces derniers ont publié avant lui et qu’il a ignoré leur travaux dans ses publications, lui dit que je ne peux me permettre de montrer mes brouillons pour CompuCell3D et lui indique qu’il suffit de poser le problème en termes de chimiotaxie fgf4/fgf8 avec un modèle proche de celui de Saka & Smith et que probablement il ferait mieux avec.

Le reste des échanges sont via les commentaires de dloale. J’intercalerai ici des liens (plus tard).

Fleury pense que le problème doit être posé en termes d’hydrodynamique, ce qui en termes d’analogie est une excellente idée, mais qui ne devrait pas dépasser le stade d’analogie. En considérant les cellules en tant qu’éléments « approximativement identiques », pour simplifier ses calculs, il va à l’encontre des subtilités de « frottements » que lui même évoque. S’il y a une caractéristique à ne pas laisser de côté quand on traite le problème, c’est que les cellules se différencient, ce qui affecte les interactions avec leur voisines, donc les « viscosités », qui varient suivant des patterns spatio-temporels relativement complexes. Mêmes en termes d’analogie avec la mécanique des fluides l’approximation « cellules identiques » me paraît illégitime.

Ainsi, au lieu de répondre simplement par oui ou non à ma question, Fleury est parti à une discussion pas particulièrement constructive. Le schéma qu’il m’a proposé m’a créé plus de problèmes qu’il n’en a résolu. Comme il l’a fait lui-même, j’essayais de placer les flux L2/RR2 de son modèle dans la « poire », sans succès, parce que je trouvais un décalage entre les images des trajectoires cellulaires. Il a reproduit le même décalage, qui n’est pas négligeable, travaillerait-on à la louche comme je le fais. Son modèle devient inutilisable non plus seulement à cause des approximations mentionnées, mais également à cause de sa géométrie, mal définie.

Ce que je pensais être une façon de me simplifier la vie est devenu une complication supplémentaire et m’a donné plus de travail que je n’aurais eu en ne me servant que des données expérimentales, chichement distribuées je trouve, de Weijer et al. Je suis parti du principe que les mouvements/ trajectoires cellulaires que Fleury décrit étaient issus d’observations documentées par lui, il semble que je me suis trompé.

Entre temps, je me suis rendu compte de la puissance de CompuCell3D en tant qu’outil pour la modélisation et du fait qu’il est possible de le coupler avec des bases de données du genre GEO pour caractériser les cellules simulées en termes d’expression génique différentielle.

8 Réponses

  1. vous devriez lire l’article dans Revue des questions scientifiques, vous savez, au leu de vous échauffer comme ça. Y’a encore beaucoup de choses que vous devez comprendre.

    Vous voyez tout de votre point de vue, c’est pas bien grave. Evidemment que l’hydrodynamique n’est pas une analogie, c’est la chose même, les cellules ne se déplacent pas par l’opération du saint esprit, faut bien qu’elles exercent un dipôle de force, si vous ne comprenez pas ça, qu’est-ce que j’y peux. Le mot « analogie » n’au aucun sens ici, je prends le milieu, je mets les forces, obtiens la déformation, rien que de très censé.

    La seule analogie, c’est le fait qu’on peut faire une analogie magnétique et comprendre ce qui sepasse en imaginant les cellules comme des aimants, mais le calcul hydrodynamique est parfaitement rigoureux

    Vos superpositions de trajectoires sur la poire sont erronées, si si, vraiment erronées, vous n’avez toujours pas compris. les trajectoires partent de points dont la position initiale est une heure avant la poire que vous mettez dans le fond, ça aurait à la rigueur un sens de superposer les trajectoires avec la forme de la poire à l’heure d’avant (pour voir où vont les points de la poire) soit 1/6e de la durée de la simulation, voire 2/6e, j’ai l’impression qu’ils ont shifté les frames en plus pour faire leur intégrale glissante, ça n’a rien à voir avec un problème de décalage dans l’espace des lignes. Mes traits ne sont pas des erreures de décalage, c’est une réactualisation du champ de vitesse.

    Je comprends pas comment des gens qui n’ont même pas vu la recirculation vers l’arrière (qui ne fait que commencer), qui confondent les trajectoires et les champs de vecteurs, qui ne traitent pas la loi fondamentale de la dynamique, qui déplacent des cellules sur des surfaces indéformables et qui invoquent des sources de produits chimiques qui n’ont pas d’équation de propagation bien définie peuvent prétendre faire mieux que moi, mais bon, vous allez sûrement nous expliquer ça

    Je rigole doucement de vos mesures au pixel près sur des crobards faits à la louche pour répondre à vos stupides injoctions, tout ça pour essayer de néantifier mes calculs, alors que le point hyperbolique est parfaitement visible pour ceux qui ont les yeux ouverts. Vous savez si mon modèle hydrodynamique n’est qu’à quelques pour cent d’une description correcte, faudrait m’expliquer pourquoi je devrais en avoir honte.

    C’est triste, la discussion avec vous, vraiment triste.

    Des données? Celles là me suffisent, allez voir les vrais figures des papiers, pas les petits dessins merdiques faits en vacances pour essayer de tempérer vos eructations.

    Le seul mérite de tout ça c’est de faire comprendre aux gens ce que c’est, dans la réalité, le milieu scientifique.

  2. j’ai l’impression que le commentaire ci-dessus est en doublon, mais je le valide quand même, qu’il aille pas dire qu’on le censure

  3. mais pourquoi je ferais ça vous vous faites une drôle d’idée des rapports humains

    mais vous : vous le voyez le point hyperbolique, ou vous le voyez pas?

  4. mais pourquoi je ferais ça vous vous faites une drôle d’idée des rapports humains

    je ne sais pas pourquoi vous tardez à mettre mon commentaire du précédent post alors je le remets ici :

    Non pas seulement je ne le vois pas, mais je sais que vous vous êtes planté et ce n’est pas pour me deplaire vu votre comportement. Votre modèle est à revoir entierement. Il suffirait de montrer que les cellules se deplacent de façon active non ? Juste ça et vos calculs passent à la poubelle.

  5. mais non pas du tout, qu’est-ce que vous racontez?

  6. Eh oui, votre calcul est soit une analogie pas connectée à la façon dont les cellules se deplacent réellement, soit il implique que les cellules n’ont pas de mouvement autonome dû au chimiotactisme conditionné par les morphogènes.

  7. Des données? Celles là me suffisent, allez voir les vrais figures des papiers, pas les petits dessins merdiques faits en vacances pour essayer de tempérer vos eructations.

    Eh bien non, tout compte fait elles n’étaient pas suffisantes. Et évitez de faire des petits dessins merdiques sur un site universitaire, puisque vous en avez des plus beaux.

    Bon courage.

  8. […] of all, let’s remind that what we are looking for (#, #, #, #) [this set of links, in fr], is a set of four vortices of cells, those supposed to induce limb […]

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