e-mails AV/VF [18 à 21-08]

18 août 2007 14:59:01 HAEC — à : VF

Monsieur Vincent Fleury,

sur votre site, à la page « Foire aux questions », à FAQ25, question présentée ainsi : « FAQ25 Punch and Judy (Bordeaux). Le gène PitX1 n’est exprimé que dans la patte. Quand on l’exprime dans l’aile du poulet, l’aile prend des allures de patte, or votre modèle prédit une symétrie miroir. Qu’est-ce que vous en dites?« , après plusieurs tergiversations, vous dites :

La vraie, la seule question est : [option I] l’établissement des pattes avant et arrière est-elle la conséquence d’une interprétation par les cellules de la plaque latérale d’un niveau-seuil d’un certain morphogène le long d’un gradient antero-posterieur (hypothèse d’information de position représentée par un gradient) ou bien [option II] la conséquence d’une brisure de symétrie unique provoquant un éclatement en quatre zones à recirculations en miroir autour du nombril, ces recirculations provoquant des gradients de pression qui « lancent » les membres. Ce point est le seul qui vaille d’être discuté à ce stade de précision des données, et tout démontre que la seconde assertion est la bonne : les 4 pattes s’établissent ensemble, de par la formation d’un écoulement hyperbolique autour du nombril.

Vous expliquez votre point de vue en affichant une série de schémas, dont,

magnifiedlimbs2.jpg

où l’on voit des vecteurs tracés à « la main », censés représenter des « écoulements autour du nombril » durant la gastrulation si je comprends bien, aboutissant au schéma .

limbanlagen.jpg

J’ai cherché des sources bibliographiques décrivant les mêmes mouvements que ceux que vous modélisez, sans succès; j’ai au contraire trouvé des données de Cornelius Weijer, publiées en « Gastrulation: From Cells to Embryo », qui montrent des trajectoires de mouvements cellulaires en contradiction avec votre modèle (schéma http://www.gastrulation.org/gastrulation_ch22fig2.jpg), schéma issu des observations in vivo, présentées ici : http://www.gastrulation.org/gastrulation_ch22fig1.jpg.

Je suppose que vous disposez de données expérimentales contradictoires à celles de Weijer, qui vous ont permis de valider votre modèle2, mais je n’ai pas su les trouver par les circuits traditionnels de recherche bibliographique (PubMed, même la revue Organogenesis n’y est pas référencée !), ni sur votre site universitaire. Auriez vous l’obligeance de les mettre en ligne de façon à ce que l’on puisse juger de la corrélation entre les données expérimentales et le modèle que vous proposez ? J’attendrai ceci avec impatience avant de prendre contact avec C. Weijer pour lui demander un commentaire.

Bien entendu, si vous avez des commentaires au sujet des différences entre votre modèle et les trajectoires observées par Weijer, qui pourraient m’éclairer, ça serait gentil de les proposer en complément de votre réponse à « FAQ25 » de votre « Foire aux questions ».


18 août 2007 18:51:35 HAEC — à AV

c’est extrêmement simple :

les cellules de l’épiblaste convergent puis font demi tour en « plongeant » dans le sillon et repartent dans l’autre sens. Les champs de vecteur dessus et dessous sont en sens opposés

Le dessin que vous donnez en référence représente les mouvements en dessous, la forme en poire, bien connue, des balstulas est le résultat d’un mouvement convergent vers le nombril, pour obtenir la forme en poire (vue couchée sur le dessin indiqué) il faut simplement changer de signe tous les sens des flèches représentées. Les flmèches rerésentées donnent la suite du mouvement, après que le mouvement de convergence ait eu lieu.

Par la suite, le mouvement de convergence se poursuit sur le dessus, et la fin du « ramassage » convergent des tissus lève les bourrelets formant les prémisses des pattes

ceci est discuté en détail dans mon article dans « Revue des questions scientifiques »

les mouvements sur le dessus convergent et sur le dessous divergent (après passage à travers le sillon) sont très visibles sur le fameux film que je vous ai recommandé maintes fois de regarder


18 août 2007 18:55:28 HAEC — à AV

ah excusez moi, j’ai aps gardé la réponse, étant en vacances

pouvez vous me retourner le message, je la mettrai sur FAQ, avec des références d’écoulements à mon retour


19 août 2007 19:59:12 HAEC — à VF

Monsieur Fleury,

Vous trouverez votre réponse incluse ci-dessous.

Merci pour les explications des résultats de Weijer, j’espérais plutôt des commentaires portant sur les différences. Je vais les expliciter sur dloale dès que j’aurais fini quelques schémas pour bien les faire apparaître.

Vous dites dans votre dernier message :  » il faut simplement changer de signe tous les sens des flèches représentées ». Je suppose que vous parlez des mouvements cellulaires de l’épiblaste, est-ce bien ça ?


19 août 2007 21:47:42 HAEC — à AV

s’il vous plaît M. Vekris, n’allez pas trop vite, digérez bien les images et tout avant de faire des commentaires, je vous en prie.

tous ces mouvements sont très subtils et apparemment incompréhensibles vus « de loin » et sur des images ou des articles tels que les timings ne sont pas très rigoureusement respectés.

Tout est détaillé également dans mon livre que, je crois, vous avez.

Les points cruciaux à bien comprendre sont:

1) au départ la blastula est ronde et connexe (d’un seul tenant), le mouvement est convergent vers le nombril présopmptif, cette convergence crée un effet de collision en sorte qu’il y a une recirculation vers l’avant ET vers l’arrière. On voit très bien sur les films que ça s’allonge vers l’arrière aussi, d’où l’allongement en forme de poire

2) au moment de l’ouverture du sillon, la blastula n’est plus d’un seul tenant, si j’ose dire, à cause du trou (deux moitis se font face de part et d’autre d’une grande fissure) les cellules plongent et font demi tour (dans la direction verticale)

quand je dis que les champs de vecteur sont opposés, ce n’est pas rigoureusement exact, car les conditions aux limites ne sont pas identiques: quand ça diverge, il n’y a pas d’effet de collision (puisque les cellules s’échappent sans vis à vis) par ailleurs, la condition initiale pour le mouvement convergent est le croissant de rauber, la condition initiale pour le mouvement divergent est la ligne du premier sillon, c’est un peu différent (mais le mouvement est du même genre quand même)

3)la formation des pattes a lieu très tôt, de par le mouvement convergent, les images de Weijer que vous montrez ne concernent que le mésoderme, c’est déjà hyper tardif, et s’éloignant du corps, les ébauches de pattes et les enroulement sont déjà complètement formés dans l’imagre A qui est la première, regardez « dans l’ombre » vous voyez les bosses des enroulements

evidemment, le mésoderme s’échappe tranquillement en formant les grands arcs et ls lignes de cellules qui contribuent à former le pattern de vaisseaux sanguins du sac vitellin etc. (pour le poulet)

tout cela est extrêmement subtil, et, croyez moi, ça m’a pris beaucoup d’effort intellectuel pour trouver une logique qui chaîne les événements

évidemment, vous pouvez penser aux gradients chimiques, et y’en a pour doser les effets, fixer les valeurs des paramètres etc., je dirais fortuitement et sans faire exprès, mais expliquer tout ces mouvements, par des gradients, dans un sens dans un autre qui se retournent font demi tour etc., ça ne tient pas la route, en tout cas, moi, je peux pas accepter ça c’est trop tiré par els chevuex.

bon courage, je suis très heureux que vous vous soyez enfin décidé à regarder le problème en face. Vous allez vivre une expérience inoubliable


20 août 2007 20:24:28 HAEC — à VF

Une nouvelle fois.

Je viens d’ouvrir mon e-mail personnel et je trouve à l’instant votre message qui a précédé votre intervention sur dloale.

Je ne pense pas aller vite, je cherche à apprendre à me servir de CompuCell3D, pour d’autres besoins, et un petit modèle de migration suivant deux gradients basé sur les quelques articles que j’avais amassé m’a paru intéressant pour m’y mettre. Il n’y a que cinq paramètres et je dois me faire une bonne idée du programme avant d’attaquer une simulation avec une trentaine de variables.

Enfin, à partir du sillon principal et la suite, pour les cellules du mésoderme, c’est du gâteau. Rien d’original, je pense que Weijer a dû présenter ses travaux de simulation récemment, mais je n’ai pas vu de papier correspondant sortir. Je piste.

Les mouvements en surface sont un tantinet plus complexes, il semble y avoir au moins quatre phases et deux gradients supplémentaires variant au cours du temps (pour mon point de vue), soit par néosynthèse des morphogènes,soit par redistribution à cause des mouvements cellulaires eux mêmes.

Malheureusement, votre livre est sorti de ma valise lors de la visite chez une amie, et n’y est pas rentré au moment de mon départ. Il est donc sur une pile de « à lire »à Nantes, où je ne pense pas revenir avant le mois d’octobre. A son retour de vacances je lui demanderai de le mettre à la poste. Cet exemplaire en particulier à dû parcourir quelque 30000 km pour l’instant.

Les points cruciaux à bien comprendre sont:

1) au départ la blastula est ronde et connexe (d’un seul tenant), le mouvement est convergent vers le nombril présopmptif, cette convergence crée un effet de collision en sorte qu’il y a une recirculation vers l’avant ET vers l’arrière. On voit très bien sur les films que ça s’allonge vers l’arrière aussi, d’où l’allongement en forme de poire

Franchement, L2/R2 je ne les vois pas pour l’instant. A part sur mes simulations de gradients, où les zones semblent claires au niveau de L2/R2, mais sans orientation particulière.

L’allongement vers l’arrière ne correspond pas à des flux de cellules vers l’arrière au niveau du PS ! C’est peut être vrai pour un référentiel externe mais j’ai opté pour un interne, comme il semble être d’usage. Quel qu’il soit je ne vois que des mouvements vers le HN pour l’instant.

2) au moment de l’ouverture du sillon, la blastula n’est plus d’un seul tenant, si j’ose dire, à cause du trou (deux moitis se font face de part et d’autre d’une grande fissure) les cellules plongent et font demi tour (dans la direction verticale)

quand je dis que les champs de vecteur sont opposés, ce n’est pas rigoureusement exact, car les conditions aux limites ne sont pas identiques: quand ça diverge, il n’y a pas d’effet de collision (puisque les cellules s’échappent sans vis à vis) par ailleurs, la condition initiale pour le mouvement convergent est le croissant de rauber, la condition initiale pour le mouvement divergent est la ligne du premier sillon, c’est un peu différent (mais le mouvement est du même genre quand même)

Pour l’instant j’en suis à considérer les mouvements cellulaires aux deux niveaux, épiblaste et « mésoderme » de façon complètement différente. Je vois mal comment les concilier dans le même genre. D’autant plus que je suis tombé sur un comportement particulier, qui voudrait que les cellules mésodermiques durant la régression du PS se disposent sur des bandes parallèles au PS et d’autant plus distantes qu’elles ont internalisé en caudal ! Je ne sais pas d’où est sorti ce comportement (il est certainement imposé par mes conditions mais je ne vois pas lesquelles🙂 je penche pour fgf8 mais je verrai ça le WE prochain, ou plus tard)

3)la formation des pattes a lieu très tôt, de par le mouvement convergent, les images de Weijer que vous montrez ne concernent que le mésoderme, c’est déjà hyper tardif, et s’éloignant du corps, les ébauches de pattes et les enroulement sont déjà complètement formés dans l’imagre A qui est la première, regardez « dans l’ombre » vous voyez les bosses des enroulements

Je pensais que la vidéo 11 montre l’épiblaste. De même que les images de la figure du bouquin Gastrulation. Vais vérifier.

évidemment, vous pouvez penser aux gradients chimiques, et y’en a pour doser les effets, fixer les valeurs des paramètres etc., je dirais fortuitement et sans faire exprès, mais expliquer tout ces mouvements, par des gradients, dans un sens dans un autre qui se retournent font demi tour etc., ça ne tient pas la route, en tout cas, moi, je peux pas accepter ça c’est trop tiré par els chevuex.

Je ne comprends pas pourquoi vous trouvez ça tiré par les cheveux, ni pourquoi vous considérez les expériences qui en démontrent les modalités comme non réelles. Et je n’essaierai pas de vous convaincre du bien fondé des approches consensuelles. Peut-être quelques jours à observer dictiostelium seraient plus convaincantes que tout discours pour vous montrer chimiotactisme et déplacements cellulaires. Mais je ne pense pas que vous avez envie d’être convaincu. Si les résultats des expériences des morpholinos sur Ciona intestinalis ne vous suffisent pas je pense que rien ne fera l’affaire. Vous ratez vraiment quelque chose là, c’est fascinant.

Ceci dit, la modélisation-essai que je tente n’a rien à voir, ni avec votre position au sujet de la théorie de l’évolution, ni avec notre différence quant au déterminisme du développement. Je garde les deux sujet bien séparés dans ma tête.

Salutations,


20 août 2007 21:11:09 HAEC — à AV

« Pour l’instant j’en suis à considérer les mouvements cellulaires aux deux niveaux, aux deux niveaux, épiblaste et « mésoderme » de façon complètement différente. « 

ne perdez pas votre temps, c’est une erreur,

le flux sortant de l’epiblaste le long du sillon est la condition de bord pour le flux rentrant dans le mesoderme, j’ai déjà traité ça intégralement exactement, c’est très subtil sur le plan topologique, les deux niveaux ne sont pas du tout indépendants

je comprends qu’on veuille modéliser les gradients, puisqu’ils existent, mais ce sont des nuances sur un pb d’hydrodynamique dont la topologie est la cause du plan tétrapode, le caractère conservatif (en gros) des écoulements implique des formes caractéristiques (vortex etc.) pour les lignes de flux.

si vous voulez résoudre votre problème par de la chimie vous devez poser quelque part force d’une cellule=fonction du champ de morphogene, puis résoudre l’équation de newton du fluide avec la force

vous ne pouvez pas écrire une loi du type Vitesse=fonction du champ, ça n’a pas de sens sur le plan formel.

exercez vous a écrire la dynamique d’une cellule unique, dans un champ de mrophogene de l’epiblaste, étant entendu que vous ne pouvez pas déplacer une cellule vers un milieu déjà occupé. avec des gradients chimiques. ouh là.


21 août 2007 00:12:59 HAEC — à VF

Allons, je ne perds pas mon temps, je m’exerce pour un autre problème en évaluant l’adéquation d’un logiciel pour traiter un de mes sujets.

Vous partez de l’a priori qu’il s’agit d’un problème de fluidique. Je ne dis pas que ça ne ressemble pas, mais je pense que vous avez tort. L’approximation des cellules identiques est certainement une erreur fondamentale. Nous étions en train de chercher une ressource pour montrer ceci et je suis revenu vers GEISHA. Il est malheureusement impossible d’exploiter cette ressource de façon systématique, les données étant autant éparses que partielles. Mais il suffit de choisir n’importe quel stade pour voir littéralement les différence des populations cellulaires, sous forme d’expression différentielle (espace et temps) des gènes répertoriés.

Pour les deux niveaux, épiblaste et « mésoderme » je ne pensais pas à un traitement indépendant, juste différent. Le seul problème est que les cellules de différencient au fur et à mesure que le processus avance et que leurs propriétés d’adhésion et chimiotactisme doivent également changer.

Je ne cherche pas à « modéliser des gradients » mais le comportement cellulaire. Vous dites :

si vous voulez résoudre votre problème par de la chimie vous devez poser quelque part force d’une cellule=fonction du champ de morphogene, puis résoudre l’équation de newton du fluide avec la force

Encore une fois, vous partez de l’idée que quoi qu’il en soit il s’agit d’un fluide ! Une population d’amibes qui répondent à un signal chimique et convergent pour former un organisme ne sont pas un fluide. Et elles y arrivent, tranquillement.

vous ne pouvez pas écrire une loi du type Vitesse=fonction du champ, ça n’a pas de sens sur le plan formel.

Allons donc ! Un physicien qui ne pourrait pas écrire une loi du type v=f(g) où g un champ gravitationnel ? Ou ai-je mal compris la phrase ?

exercez vous a écrire la dynamique d’une cellule unique, dans un champ de mrophogene de l’epiblaste, étant entendu que vous ne pouvez pas déplacer une cellule vers un milieu déjà occupé. avec des gradients chimiques. ouh là.

J’en suis à désespérer de la lenteur de mes 800000 cellules à 20 variables, je ne descendrais plus vers 1 seule cellule. Ouh là comme vous dites, ça prend quasiment une heure de calcul par étape sur ma bécane. Faudrait que je loue du temps de calcul ne serais-ce que pour tester mon modèle (je ne parle pas de développement ici).

La partie difficile, que je ne toucherais pas en tant que passe temps, est de savoir quel signal agit et comment il est transduit.

Nous avons fait l’évaluation pour Ciona intestinalis : moins de 6000 cellules au stade têtard, disons 20000 gènes. 120 millions de « dots ». Même pas un ordre de grandeur au dessus de mon problème. J’ai l’impression que les japonais sont en cours de traiter C. intestinalis déjà. Pour une double équipe biomol/bioinfo c’est l’affaire de 6 ans partant de scratch au descriptif complet. Pour l’instant ils sont en train de caractériser les gènes, après ça sera une question de puissance de calcul. Un choix judicieux à mon sens. Nous aurons peut-être l’occasion d’en reparler dans les 4 ans.

Salutations,


21 août 2007 12:50:02 HAEC — à AV

c’est le problème avec votre approche, elle ne respecte pas les lois de la physique:

Allons donc ! Un physicien qui ne pourrait pas écrire une loi du type v=f(g) où g un champ gravitationnel ?

ben non, la loi fondamentale de la dynamique, c’est dv/dt=Mg, vous n’y connaissez vraiment rien c’est dramatique (sigma des forces =M gamma)

il arrive que v soit proportionnel à la force, mais à condition d’inclure la dissipation par ailleurs (genre frottement de l’air)

si vous chosissez une fonction du type V=f(concentration)

ça ne respecte pas les les fondamentales de la physique, et votre modèle est donc ad hoc (ce qui veut dire n’importe quoi)

les cellules ne PEUVENT PAS choisir leurs vitesses de l’intérieur : ça dépend de la dissipation autour, de la présence des autres etc. Il faut un champ physique avec une équation constitutive qui respecte les lois de conservation et la relation fondamentale de la dynamique.

je ne sais pas comment vous déplacez vos cellules, et comment ça se répercute sur la forme, mais à vue de nez, vous mélangez l’état de référence et l’état déformé, vous déplacez des cellules dans un champ pré existant, ce qui n’est pas auto-cohérent, vous ne résolvez pas le champ de déformation de la blastula, en particulier là où les cellules ne se déplacent pas, et en plus celles qui se déplacent, si j’ai bien compris, se déplacent perpendiculairement aux gradients, le long de lignes iso-concentration, c’est grotesque. A moins que j’ai pas compris

mais j’ai pas le temps de regarder votre modèle en détail,

j’ai mlieux à faire

bon courage quand même

vous avez peut-être raison, au fond, quand vous aurez tout mais, on verra si ça ressemble à quelque chose de raisonnable ou si c’est du Gaudi, mais je vous le dis sans fard, si c’est vraiment le genre de chose que vous décrivez, la biologie, ça m’intéresse assez peu.

vf

vous pouvez mettre mes messages sur votre site comme vous voulez même ceux d’avant


21 août 2007 16:03:38 HAEC — à AV

j’ai pas trop accès aux outils graphiques habituels

trouvez ci joint une figure pour votre site

par ailleurs, est-ce que vous pourriez doner quelque part les formules qui donne d’un côté le (ou les) champ de morphogène

d’autre part la vitesse V(x,y,z) des cellules,

et enfin le champ de déformation de la blastula (à moins que ce soit =V(x,y,z), mais c’est pas clair)

ça permettrait de mieux comprendre votre simulation (à moins qu’elle figure quelque part, mais j’ai pas vu)


21 août 2007 20:54:32 HAEC — à VF

Monsieur Fleury,

J’aurais dû lire ce message avant de me précipiter à la publication de votre image et de mes commentaires. Ca m’aurait peut être donné le goût d’être un peu plus acide et critique.

Vous vous énervez inutilement et ça vous pousse à écrire n’importe quoi.

Par exemple que la loi fondamentale de la dynamique est

dv/dt=Mg

ou que je ne connais rien, ou que

les cellules ne PEUVENT PAS choisir leurs vitesses de l’intérieur

J’avoue savoir très peu de choses, par contre je m’efforce de ne rien ignorer/négliger quand je traite un problème. Ainsi, quand j’écrivais « Un physicien qui ne pourrait pas écrire une loi du type v=f(g) où g un champ gravitationnel ? » j’avais déjà la solution devant les yeux.

Vous ne prenez pas le temps de savoir ce que vous critiquez, pourtant « à vue de nez » vous tirez des conclusions. C’est le reproche que je vous ai déjà fait au sujet de la théorie de l’évolution des espèces.

Il est si simple pourtant d’aller regarder de près CompuCell3D pour savoir et de ne pas tenter de deviner. Cessez de penser que vous êtes le seul et unique qui comprend le monde. A mon avis il y en a qui font nettement mieux.

Je ne vous ai pas demandé de regarder de près mes modélisations du dimanche et je ne vous crois pas suffisamment bon modélisateur pour attendre votre opinion au sujet d’un modèle quelconque, soit-il un amusement du dimanche (voir JeanWalker).

Votre manque d’intérêt pour la biologie est manifeste. J’ai déjà dû écrire quelque part que ce n’est pas un problème, d’autres s’y intéressent et les résultats s’accumulent. J’en vois beaucoup qui vous contredisent, aucun pour l’instant qui va dans votre sens, mais vous en avez peut-être à présenter.

Il est rassurant de constater que beaucoup (sinon pas la majorité) des physiciens n’ont pas votre étroitesse d’esprit. CompuCell3D en est un des produits.

Cette dernière série d’échange a commencé avec une demande au sujet de résultats supplémentaires à ceux de Weijer. N’ayant pas répondu directement à la question je suppose que vous n’en avez pas. Vous avez quand même précisé que dans votre article vous ne parliez pas des travaux de Weijer l’article que je citais étant postérieur à vos publications.

Le problème, parce que ça en est un et c’est votre problème, est que je citais une revue, parce qu’elle est accompagnée des vidéos qui sont fort instructives pour quelqu’un qui ne voit pas tous les jours des poulets « pousser » et que les résultats montrés viennent en complément de ce quia étét discuté dans Gastrulation: From Cells…, montrant les mouvements cellulaires au niveau de l’épiblaste. En quoi est-ce un problème ?

Les résultats de chez Weijer concernant les cellules quittant [le PS] sont largement antérieurs à la revue publié par EMBO Journal, ils ont été publiés en septembre 2002, si je ne me trompe pas presque deux ans avant votre papier « An Elasto-Plastic Model… » qui doit dater de début 2005. Pour vous éviter des recherches inutiles au sujet de cette assertion j’inclue copie du papier de Developmental Cell de 2002.

Je ne pense pas que votre modèle soit en accord avec ces données expérimentales antérieures à votre publication, ni que vous ayez mentionné ces résultats. Mauvais point.

Si vous reprenez ces observations et que vous utilisez CompuCell3D en y incluant un modèle de chiomiotaxie positive/négative pour fgf8/fgf4 vous aurez les mêmes résultats que ceux que j’ai montré pour le dessin du « mouton » d’Agathi. Je ne vous passerai pas mes fichiers XML parce que ce ne sont que des brouillons d’un apprenti « qui n’y connais vraiment rien », qui dessinait un « mouton » pour une de ses amies. S’il y a une originalité c’est peut-être l’utilisation du système décrit par Saka & Smith (https://dloale.wordpress.com/2007/06/15/a-mechanism-for-the-sharp-transition-of-morphogen-gradient-interpretation-in-xenopus/) (l’accès est libre).

A vous croire, vous ferez nettement mieux.

Salutations,

9 Réponses

  1. oui oui ma main a dérapé c’est sigma des forces =mdv/dt, pardon

    ça figure dans votre calcul, quelque part?
    excusez moi

  2. Non, nul part dans mes calculs, mais je me contente de décrire le milieu et les cellules et CompuCell3D fait les calculs.

    Mes simulations ne concernent que l’induction de molécules de surface (membrane bound) qui permettent la fixation au niveau de l’endothélium vasculaire et sont du genre attache/pas-attache pour l’instant. Je n’arrive pas à les modéliser avec CompuCell3D et je ferai les simulations en deux temps, sauf si je réussi à me servir de l’intégration proposée par sys-bio.

    Je vous reviens pour « les cellules ne PEUVENT PAS choisir leurs vitesses de l’intérieur » non plus pour Dictiostelium mais pour la gastrulation du poulet, le temps de finir mes manips (~2 h)

  3. vous devriez lire l’article dans Revue des questions scientifiques, vous savez, au leu de vous échauffer comme ça. Y’a encore beaucoup de choses que vous devez comprendre.

    Vous voyez tout de votre point de vue, c’est pas bien grave. Evidemment que l’hydrodynamique n’est pas une analogie, c’est la chose même, les cellules ne se déplacent pas par l’opération du saint esprit, faut bien qu’elles exercent un dipôle de force, si vous ne comprenez pas ça, qu’est-ce que j’y peux. Le mot « analogie » n’au aucun sens ici, je prends le milieu, je mets les forces, obtiens la déformation, rien que de très censé.

    La seule analogie, c’est le fait qu’on peut faire une analogie magnétique et comprendre ce qui sepasse en imaginant les cellules comme des aimants, mais le calcul hydrodynamique est parfaitement rigoureux

    Vos superpositions de trajectoires sur la poire sont erronées, si si, vraiment erronées, vous n’avez toujours pas compris. les trajectoires partent de points dont la position initiale est une heure avant la poire que vous mettez dans le fond, ça aurait à la rigueur un sens de superposer les trajectoires avec la forme de la poire à l’heure d’avant (pour voir où vont les points de la poire) soit 1/6e de la durée de la simulation, voire 2/6e, j’ai l’impression qu’ils ont shifté les frames en plus pour faire leur intégrale glissante, ça n’a rien à voir avec un problème de décalage dans l’espace des lignes. Mes traits ne sont pas des erreures de décalage, c’est une réactualisation du champ de vitesse.

    Je comprends pas comment des gens qui n’ont même pas vu la recirculation vers l’arrière (qui ne fait que commencer), qui confondent les trajectoires et les champs de vecteurs, qui ne traitent pas la loi fondamentale de la dynamique, qui déplacent des cellules sur des surfaces indéformables et qui invoquent des sources de produits chimiques qui n’ont pas d’équation de propagation bien définie peuvent prétendre faire mieux que moi, mais bon, vous allez sûrement nous expliquer ça

    Je rigole doucement de vos mesures au pixel près sur des crobards faits à la louche pour répondre à vos stupides injoctions, tout ça pour essayer de néantifier mes calculs, alors que le point hyperbolique est parfaitement visible pour ceux qui ont les yeux ouverts. Vous savez si mon modèle hydrodynamique n’est qu’à quelques pour cent d’une description correcte, faudrait m’expliquer pourquoi je devrais en avoir honte.

    C’est triste, la discussion avec vous, vraiment triste.

    Des données? Celles là me suffisent, allez voir les vrais figures des papiers, pas les petits dessins merdiques faits en vacances pour essayer de tempérer vos eructations.

    Le seul mérite de tout ça c’est de faire comprendre aux gens ce que c’est, dans la réalité, le milieu scientifique.

  4. je comprends pas, vous utilisez un code dont vous ne savez pas ce qu’il fait? Vous êtes pas capable de nous dire en trois lignes l’équation pour les champs de morphogène, pour le mouvement individuel de chaque cellule, et pour la déformation résultante de la blastula?
    Mais vous faites quoi, vous-même alors? Ce serait à moi d’aller voir pour vérifier si ceci ou cela? Ben merde alors. Si ça se trouve, votre ordinateur résoud l’équation fondamentale de la dynamique par un automate cellulaire qui résoud l’équation de Newton à chaque pas de temps et d ‘espace, comme moi, sauf que moi je le fais analytiquement, en exploitant une solution exacte; pas besoin de 800 000 cellules qui crapahutent pendant une heure.

    Vous m’inquiétez.

    vf

  5. Monsieur Fleury, vous ne savez vraiment pas lire.
    Antoine travaille les réseaux de régulation d’expression du génome en fonction des signaux extérieurs. Vous savez, le genre de choses qu’on fait en cosmétique comme dirait votre pote Staune.
    Ca concerne entre autres les molécules de surface qui permettent l’attachement des cellules aux matrices extracellulaires (ECM), les molécules secretées qui « fluidifient » les ECMs pour permettre le deplacement cellulaire, les molécules d’adhésion cellule-cellule et régulent les molécules intracellulaires qui produisent le mouvement, que ce soit les effectrices ou les régulatrices.
    Ca il modélise et plutôt pas mal.

    Et vous vous ne faites pas votre bibliographie, vous allez avoir une petite surprise je pense, suis en train de lire l’article qu’Antoine compte présenter tantôt. Une belle surprise.

  6. j’y pense, allez vérifier, vous devrez soit changer de sujet, soit changer d’approche.

  7. mais tant mieux, vous savez, moi je prends les progès scientifiques comme ils viennent, si mes travaux lui ont permis de se mettre au sujet et de produire quelque chose d’intéressant, même exprès pour me contredire, tant mieux pour lui
    vous voyez des raisons de ricaner partout, c’est vraiment curieux.

  8. vous n’y êtes pas, il fait de la modélisation depuis 2000, pour l’instant vos travaux n’ont fait que lui faire perdre du temps, parce qu’il a eu la bêtise de croire que le dscriptif de votre modèle était bon

  9. […] Le mot négationnisme, traduction de denialism, est largement utilisé pour signaler des personnes ou des mouvements, qui refusent l’évidence : scientific denialism est une expression courante, qui a fait son chemin jusqu’à PLoS medecine, au sujet du négationnisme HIV : HIV Denial in the Internet Era. Je l’utilise à bon escient, je pense, après avoir lu ceci de la part de Fleury : évidemment, vous pouvez penser aux gradients chimiques, et y’en a pour doser les effets, fixer les valeurs des paramètres etc., je dirais fortuitement et sans faire exprès, mais expliquer tout ces mouvements, par des gradients, dans un sens dans un autre qui se retournent font demi tour etc., ça ne tient pas la route, en tout cas, moi, je peux pas accepter ça c’est trop tiré par els chevuex. [19 août 2007 21:47:42 HAEC — à AV] […]

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