clôture

Admettons que l’on part de l’hypothèse que les mouvements cellulaires durant la gastrulation ne sont que des écoulements et que les cellules ne se déplacent pas par chimiotactisme, de façon active.

La première chose à faire est de la valider ou invalider en réalisant une expérience ad hoc. Il me semble que Vincent Fleury n’en a pas fait autant. Ce qui est dommage.

Parce que si quelqu’un d’autre réalise l’expérimentation et invalide l’hypothèse, le travail de plusieurs hommes-mois part à la poubelle.
J’ai à plusieurs reprises posé la question à VF, s’il avait des résultats supplémentaires à ceux que l’on trouve sur le Net. La seule réponse que j’ai obtenu a été donnée à un de ses derniers commentaires :

Des données? Celles là me suffisent, allez voir les vrais figures des papiers, pas les petits dessins merdiques faits en vacances pour essayer de tempérer vos eructations.

Je conclue qu’il n’a pas pris la peine de vérifier son hypothèse de base.

La question se pose immédiatement : est-ce que quelqu’un d’autre a pris la peine de vérifier si les mouvements cellulaires durant la gastrulation sont dus à des mouvements de convection uniquement, ce qui donnerait raison à VF, à des mouvements autonomes uniquement, ce qui serait étonnant, ou peut-être à un mélange de mouvements de convection et autonomes, ce qui est le cas si on fait des simulations .

Le réponse se trouve immédiatement autonomous convective cell movements gastrulation.

Mesodermal cell displacements during avian gastrulation are due to both individual cell-autonomous and convective tissue movements.

Zamir EA, Czirók A, Cui C, Little CD, Rongish BJ.

PNAS | December 26, 2006 | vol. 103 | no. 52 | 19806-19811

Gastrulation is a fundamental process in early development that results in the formation of three primary germ layers. During avian gastrulation, presumptive mesodermal cells in the dorsal epiblast ingress through a furrow called the primitive streak (PS), and subsequently move away from the PS and form adult tissues. The biophysical mechanisms driving mesodermal cell movements during gastrulation in amniotes, notably warm-blooded embryos, are not understood. Until now, a major challenge has been distinguishing local individual cell-autonomous (active) displacements from convective displacements caused by large-scale (bulk) morphogenetic tissue movements. To address this problem, we used multiscale, time-lapse microscopy and a particle image velocimetry method for computing tissue displacement fields. Immunolabeled fibronectin was used as an in situ marker for quantifying tissue displacements. By imaging fluorescently labeled mesodermal cells and surrounding extracellular matrix simultaneously, we were able to separate directly the active and passive components of cell displacement during gastrulation. Our results reveal the following: (i) Convective tissue motion contributes significantly to total cell displacement and must be subtracted to measure true cell-autonomous displacement; (ii) Cell-autonomous displacement decreases gradually after regression from the PS; and (iii) There is an increasing cranial-to-caudal (head-to-tail) cell-autonomous motility gradient, with caudal cells actively moving away from the PS faster than cranial cells. These studies show that, in some regions of the embryo, total mesodermal cell displacements are mostly due to convective tissue movements; thus, the data have profound implications for understanding cell guidance mechanisms and tissue morphogenesis in warm-blooded embryos.

Free Access

Si j’avais focalisé mon attention sur la base du travail de Fleury j’aurais eu la réponse de suite, nos discussion ayant commencé au début de l’année 2007. Mais, à l’époque je ne pouvais même pas imaginer qu’il pourrait travailler à partir d’une hypothèse non vérifiée. Ayant appris à le connaître mieux, j’ai fini par me poser la question hier soir et j’ai trouvé la réponse dès que je me suis connecté.

Ce papier est particulièrement intéressant.

D’abord il établit clairement que les cellules du mésoderme se déplacent par une combinaison de mouvements convectifs et autonomes. L’hypothèse de base, que le mouvement cellulaire durant la gastrulation serait juste un flux cellulaire est invalidée. C’est un point de vue très peu répandu dans la littérature scientifique, mais il y en avait quelques partisants.
Toutes modélisations ne tenant pas compte de la composante « mouvements cellulaires autonomes » est faussée. Le(s) modèle(s) présenté(s) par Vincent Fleury également.

Puis, il montre que les mouvements autonomes représentent eux-mêmes un gradient suivant l’axe antéro-posterieur, plus marqués vers l’arrière, de moins en moins important au fur et à mesure qu’on va vers la région céphalique; probablement le reflet du gradient morphogène chimique que les cellules suivent.
Et que les vitesses varient en fonction du temps. Le « résumé » est présentée à la figure 5 du papier : zpq0510645080005.gif

Fig. 5. Spatial cell-autonomous speed maps for each of the 2-h time intervals studied. Each dot represents the position of a cell at a single time point for each speed measurement. A coordinate transformation was performed to make cell coordinates relative to Hensen’s node (HN) for each embryo, and data from the left and right sides of embryos were combined. For reference, a schematic drawing of the node and PS is shown to the left of each map. Although no specific measurements were made, the observed shortening and widening of the PS over time is illustrated. Each map uses the same scale bar (right).

Si une jour Vincent Fleury intègre dans un nouveau modèle ce genre de données expérimentales il est possible, probable même, qu’il s’approchera des animaux réels qu’il semble autant apprécier.

En attendant, son hypothèse de base est révélée est fausse, ce qui invalide son modèle et ses extrapolations quant à l’absence d’activité des gradients morphogènes. Ca rend caduques également ses prises de position quant à l’impossibilité du contenu génique de modifier le déroulement de la gastrulation, qui certes est largement démontré par les expériences de knockdown auxquelles il n’y croit pas, mais qui ne tiennent pas face au fait que les cellules sont aptes à se déplacer de façon autonome.

Quelles que soient les objections de Fleury, il faudrait qu’elles soient soutenues par des données expérimentales du même type et quelque chose me dit que nous ne sommes pas prêts de les voir venir de sa part; non pas seulement parce qu’il ne chercherait pas à les obtenir, mais surtout parce qu’il est improbable qu’elles abonderaient dans son sens.

Reste à savoir si en tant que membre de l’editorial board de Organogenesis, il aura la décence de publier un correctif indiquant que sa modélisation ne tient pas compte des mouvements cellulaires autonomes.

Mais également pour le large public, plus difficile à joindre, je parle de ceux qui ont lu « De l’oeuf à l’éternité : le sens de l’évolution », qui est aussi basé sur cette même hypothèse invalidée. Il fera quoi pour ces personnes ? Publier un livret avec le correctif ?

Enfin j’aimerais savoir comment va se comporter Jean Staune, voyant que son poulain, sa « pierre de rosette », perd pied.

Vincent Fleury dit :

Le seul mérite de tout ça c’est de faire comprendre aux gens ce que c’est, dans la réalité, le milieu scientifique.

J’espère que les gens ne se baseront pas sur ça pour se faire une idée du milieu scientifique, l’approche de Vincent Fleury, émettre une hypothèse vérifiable et de ne pas la vérifier avant de poursuivre, n’étant vraiment pas la façon de faire du milieu scientifique. Il y en a qui passent à la paillasse avant d’aller chez leur éditeur grand public; la majorité.


Ceci est le dernier post de ma part sur ce blog, autre que la collecte de la biblio occasionnelle sur le sujet. Les commentaires resteront actifs pendant une période, pour accueillir les discussions qui pourraient avoir lieu, mais si elle s’estompent (disons plus de nouvelle entrée pendant un mois) je les fermerai définitivement pour ne pas avoir à m’occuper du spam. Je vous salue bien bas, toutes et tous, à l’exception de Vincent Fleury et Jean Staune que je salue simplement.

13 Réponses

  1. attends là, c’est chez la caille pas sur le poulet !
    peut-être que chez le poulet c’est différent, non ?😀

  2. oui, vous avez raison de clôturer, quand on ne sait même pas que les théories de champs contiennent le vecteur de mouvement propre et l’effet collectif de bulk à l’intérieur du même formalisme, vaut mieux aller se coucher; c’est discuté en détail dans mon article dans Revue des questions scientifiques.

    C’est plaisant, ces citations que vous faites d’articles postérieurs aux miens, j’ai l’impression d’être bien dans le coup, finalement. J’espère que vous n’avez pas payé trop cher votre compucell 3D, ou fait payer à votre entreprise. Quelques cours de physique aurait peut-être évité cette dépense.

    Puisque vous cloturez, adieu, et merci pour votre ténacité

    Sans rancune

    Vincent Fleury

  3. Fleury, à quoi est dû le mouvement propre dans votre modèle ?
    A des petits gnomes qui poussent les cellules ? Au petit bonheur ?

  4. Ah, l’idée des petits gnomes est intéressante, ils pourraient remplacer avantageusement les petits anges des créationnistes (YEC or OEC).
    Vous vous rappelez du papier d’Onion, Intelligent Falling ? Ayant reçu mon premier fanart pour ce blog (qui m’a beaucoup amusé et que je mettrais en ligne plus tard dans la journée), je me demande si quelqu’un ne voudrait pas nous pondre une interview du Dottore Vincenzo dans le même style.

  5. c’est pas possible vous continuez? Je croyais que c’était fini.
    Mais vous ne vous êtes pas rendu compte de la crétinerie totale de vos propos?? Ce dernier post est une honte totale pour vous, M. Vekris. Mme [XXXXXXX edit Oldcola], vous suivez votre ami, c’est respectable, mais réfléchissez davantage.

    C’est pas de ma faute si votre bagage en physique est à ce point minuscule que vous ne comprenez pas les modèles de champs hydrodynamiques (qui contiennent évidemment le mouvement propre et le mouvement de bulk) ; moi je veux bien tout, tout vous expliquer, mais sur un tutorial, alors, pas sur un site dédié à me contredire. C’est tellement con, tout ce que vous écrivez, vous n’imaginez pas, ça plus qu’on peut poser v=f(morphogene) mais comment vous ne vous rendez même pas compte de la bêtise abyssale de vos propos? Comment on peut même faire de la science en tringlant constamment des siècles d’efforts de scientifiques pour formaliser correctement les lois de la nature.

    En plus, c’est pas croyable, voilà qu’un américain vient dire que c’est de l’hydrodynamique, « mostly » deux ans après moi, et tout à coup, ouah c’est vachement bien. On va même « admettre ».

    Vous êtes en dessous de tout, mais vraiment, a low form of life.

    Peux pas continuer ça, vous êtes graves.

    je vais mettre sur mon site un extrait du papier de Revue des questions scientifiques, quand j’aurais le temps (mon disque dur est crashé)

    C’est dingue, tout ce qui confirme mes modèles dans ce site, la MASSE de choses qui confirme mes modèles, et vous ne vous en rendez même pas compte.

    Allez au Diable

    vf

  6. Un abonné Orange, IP 83.115.249.38, vient de poster un commentaire plutôt injurieux. Il signe vf et donne un e-mail de l’Université de Rennes 1.

    J’ai du mal de croire que c’est le vrai Vincent Fleury, puisqu’il ne répond pas à ma question, « Fleury, à quoi est dû le mouvement propre dans votre modèle ? », donc je ne laisse pas passer son commentaire.

    J’attendrai que le vrai Vincent Flery vienne répondre à la question. Clairement.

  7. Agathi, tu rêves !

    Fleury répondre directement à une question qui ne l’arrange pas ? D’autant plus que tu lui demandes là de contredire sa théorie. Des cellules qui suivent des gradients de morphogènes, quelle horreur. Il ne manque plus qu’il soit obligé d’admettre que les éléments qui leur permettent de suivre le gradient sont génétiquement déterminés.😉

    Le commentaire est bien de Vincent Fleury, je viens de « l’approuver » — enfin, de le laisser passer en ligne.
    C’est bon de montrer où il en est.

  8. Fleury,

    l’américain en question, lui, montre des résultats expérimentaux, pouvez-vous en faire autant ? Ca fait plusieurs jours que je vous pose la question.
    Si votre papier dans « Revue de questions scientifiques » n’est pas doté de résultats expérimentaux confirmant explicitement votre hypothèse pas la peine d’encombrer le Net avec. Enfin, faites ce qui vous semble bon.
    Mais prétendre que le mouvement suivant un gradient de morphogène est inclus dans votre hypothèse est une nouveauté, non ?

    Vous finirez par admettre que vous aviez raison de signer Molecular Mechanisms of Early Lung Specification and Branching Morphogenesis
    Et vous ferez de la peine à Jean.

    Le coup des « dessins merdiques » en a fait rire, continuez.

    Et faites un effort pour lire avant de commenter SVP. (je viens de relire votre commentaire, et je confirme, vous ne savez pas lire, vous déchiffrez les lettres juste🙂 )

  9. Evidemment que mon modèle contient la mobilité propre des cellules liées aux filopodes, mais cette mobilité est directe dans le sens local des cellules, telles qu’elles sont orientées dans les écoulements. les cellules que vous voyez défiler suivant les trajectoires, vous croyez qu’elles sont orientées comment? Même sans aucun gradient, ça fait des trajectoires tout à fait comme celles que vous montrez, faut intégrer les mouvements (faire l’intégrale, la somme au sens mathématique). Si vous voulez, écrivez simplement gradC=0 c’est tout, dans vos modèles, même dans les votres. Vous avez essayé seulement, dans votre calcul à vous, mettez des forces cellulaires constantes, ça fait quoi comme trajectoires, sous le simple effet des lois de conservation de la physique? Vous n’avez toujours pas compris ça : si on met des tractions de filopodes homogènes, ça fait des mouvements pas du tout homogènes, avec des trajectoires et des champs de vecteurs pas du tout simples, déjà extrêmement proches de ceux qu’on observe, et qui forment d’emblée des animaux entiers par enroulement des vortex, vous les avez vus les vortex, au moins? ça vous crève pas les yeux, que c’est de l’hydrodynamique? La cause des ces vortex est l’intégrale vectorielle des forces exercées par toutes les cellules, le champ de vitesse résultant contient le terme de mouvement propre et le terme d’advection par le reste des cellules, sous le simple effet de la linérarité de l’additivité des sources . Les calculs analytiques, c’est exact par essence. Je comprends pas ce que vous avez contre les modèles

    Vous êtes d’une sottise incroyable, vous comprenez rien à rien, votre bagage scientifique est à peu près nul, et vous fliquez les visiteurs sur votre site en plus? Je me demande même si c’est légal. Je l’ai déjà dit deux fois, trois peut-être, vous avez des méthodes de fascistes.

    J’arrête, franchement, réjouissez vous, à mes dépens, s’il n’y a que ça pour vous faire plaisir. pourquoi pas, si ça fait deux personnes de plus hereuses sur terre.
    heureux les simples d’esprit.

    vf

    PS: c’était ça, la « surprise », cette connerie grosse comme le Ritz? Ben dis-donc.

  10. […] fonctions non disponibles sur WordPress à travers les commentaires. Il fait suite à comment-258. Je le range ainsi à la catégorie “post-it pour Fleury”. Il comporte […]

  11. […] sûr ce ne serait qu’un début, restant par la suite plusieurs questions qui sont actuellement sans […]

  12. […] there are just two vortices at the epiblast’s level during early gastrulation, I added a few comments at an ongoing discussion with […]

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