natation synchronisée

maintenant vous êtes informé mon dessin de a avec les flèches est correct, c’est votre superposition de d et a qui est fausse

refaites tous vos derniers posts, ils sont très mauvais pour vous

vf

Eh bien, non, réflexion et vérification faite je me demande si ce n’est pas vous qui devez refaire vos schémas. Ce n’est qu’un questionnement pour l’instant. Mais c’est vraiment très mauvais, pour vous🙂 Vous vous êtes trompé de signe.
Donc, hier soir j’écrivais :


Ah les belles filles en monokini qui se trémoussent dans l’eau au rythme de la musique !

Non, je déconne là; ah les belles cellules qui se trémoussent dans l’embryon au rythme de l’expression de leur génome. Là, c’est mieux.

Vous excuserez (j’espère) ce léger débordement dû au ras-le-cul causé par Vincent Fleury. Il est agaçant au possible. Nous avons des échantillons d’inattention quand il s’agit de modélisation à deux sous (voir JeanWalker), de lecture inattentive (voir Pitx1) et maintenant il vient nous donner un échantillon d’un nouveau type : il ne sait pas regarder les vidéos !

Après avoir mal placé les vecteurs sensés représenter les flux cellulaires sur la vidéo de Weijer, il est venu m’accuser de superposer des éléments décalés dans le temps. Là j’ai eu un doute pendant quelques minutes, puis je me suis dit que si Fleury le disait il y avait des bonnes chances pour que ce soit faux. Et comme promis j’ai vérifié.

Il suffit de superposer le panel D au panel A, frame par frame, et de voir si les mouvement sont synchrones ou non. Tant qu’à faire j’ai aussi superposé le panel D aux B et C, pour avoir la « totale ». Le résultat est là (15fps.mov; 15fps.avi). Clair et net, les mouvements sont synchronisés autant qu’un entraîneur peut l’espérer de ses pupilles avant les JO. Pour les lents à la comprenette (et il y en a au moins un), j’ai aussi fait un ralenti, pour qu’ils puissent s’en rendre compte mieux (toutdoux.mov; toutdoux.avi). Les séquences .mov sont en lecture aller-retour pour faciliter la contemplation.

bien sûr les .mov sont meilleures, mais les avi sont là pour le cas où vous n’auriez pas Quick Time d’installé

Donc, je conclue que Fleury :

  1. il a mal compris le papier de Dormann & Weijer
  2. il a mal lu la légende qui va avec la figure 8
  3. il a mal regardé la Movie 11, et
  4. il est venu m’accuser des mêmes méfaits.

On peut également dire qu’il s’est trompé en plaçant ses vecteurs de flux cellulaires sur les deux panels D et A de la frame 2008 de la Movie 11, à l’extérieur et à l’intérieur de la poire respectivement. Et ce matin je viens trouver des conseils quant à ce qui est bon pour moi. Merde alors, Fleury abstenez-vous de me donner des conseils s’il vous plaît.

J’avais des doutes quant à ses compétences en bio(quoi que ce soit), j’étais raisonnablement certain qu’il est de mauvaise foi, je le savais un peu brouillon quant à ses réactions, maintenant je doute un peu de son habilité de décrire ce qu’il voit, y compris pour les flux cellulaires durant la gastrulation. Je vous reviendrai dans la soirée avec les e-mail que nous avons échangé ces derniers jours et des commentaires qui ne seront plus empreints de politesse et de political correctness. Vais me lâcher un peu, ça me fera du bien, tiens.


Je vais peut-être mettre la superposition des panels A et D sur YouTube avec quelques explications, pour qu’ils restent sur le Net indépendamment de mon iDisk et je pourrais l’inclure ici.

Addendum 16:54

Fleury pense que je superpose le non superposable.

En admettant qu’il a raison, et qu’il y a un décalage de 10 min entre les frames des panels « A et « D », il est de l’ordre de 1-5 px, suivant les moments. De combien Fleury a décalé lui ses flux cellulaires pour les « faire rentrer » dans la « poire » ?

La réponse en image, pour montrer comme Fleury superpose ses flux cellulaires et à partir du schéma que lui il a fourni; voyons ce que l’on a :

wg208_VFcolorinv.jpg
Full size 640×480 px restreinte à l’affichage à width 390 px, clic sur l’image pour l’ouvrir dans une nouvelle fenêtre.

La longueur de la « poire » est d’environ 200 px (frame 208 pour toutes les mesures et superpositions) Donc je me tromperais de ~2,5 %. Fleury se décale de 23 px, donc de ~14 % (ratio . Suffisamment pour les rentrer dans la « poire ».
Là où se trouve le nouvel axe « gauche-droite », après le décalage des 28 px vers l’avant, la largeur de la « poire » est de ~88 px. Donc je me trompe de ~6 %. Fleury lui, décale l’origine de son flux de ~30 px côté gauche, ~34 %, et de ~70 px côté droit, ~79 %. Donc, en se trompant de 5 à 13 fois plus que moi, il vient me faire des remarques.

Mon ton est resté léger pour ne pas me mettre en colère. Je préfère en rire, plutôt que de commencer à le prendre au sérieux.

Je rappelle à Fleury que c’est lui qui a légendé le schéma
fleury_1.jpg
« Cellular Flows »
, et que le schéma est hébergé par le site de l’UMR 6626 (CNRS, Université de Rennes 1), Groupe Matière Condensée et Matériaux, dirigée par Anne Renault, où il travaille dans l’équipe « Biophysique » sous la responsabilité de Sylvie Beaufils et qu’il est normal de demander à voir les résultats expérimentaux correspondant à son hypothèse d’analogie entre « flux cellulaires » et déplacements cellulaires pendant la gastrulation, y compris la méthode employée pour construire cette hypothèse à partir des données expérimentales. D’autant plus qu’il semble que les « positionnements » qu’il a utilisé ne sont pas aussi exacts qu’on pourrait le penser de première vue.

6 Réponses

  1. mais non, vous vous trompez,
    les images de d sont obtenues en suivant des particules pendant une heure soit 1/6e du temps complet de l’animation, les traits correspondent à des lignes d’émission, dans des régions où les écoulements ont en fait déjà changé, ça n’a rien à voir avec le pattern de lignes de courant de l’écoulement. La superposition des lignes de D sur A donne des lignes complètement fausses qui passent à des endroits où évidemment y’a plus de blastula puisqu’elle s’est déplacée

    pour construire un champ de vecteur d’écoulement il faut plotter des vecteurs différentiels au même temps, pas à une heure d’intervalle, en particulier, le champ de vecteur vitesse, tel que desiné sur le dernier frame de A ne peut pas s’obtenir en prenant les lignes d’émission de D depuis une heure, ça n’a pas de sens

    Evidemment que les tourbillons s’entraînenet eux-mêmes comme expliqué dans mes articles (effet que vous ne pouvez pas obtenir avec des graidnets chimiques), et qu’ils se ramassent vers le point hyperbolique avant de s’écarter, pour construire le champ de vitesse sur le frame A, il faut en toute rigueur disposer des vecteurs vitesses en tout point, sur ce Frame là, et pas les vecteurs vitesses d' »il y a une heure »

    le ton même que vous prenez pour vous emballer est vraiment symptomatique

    je crois que vous recevez des messages « durs », ah bon, vous vous demandez pourquoi?

    adios

  2. Les traits en D sont des trajectoires de cellules exprimant GFP. Des trajectoires. Pour donner le sens du mouvement, l’équivalent d’une « tête de flèche », on change la coloration de « jaune » à « vert » (sachant que la plus part de ces colorations sont des pseudo-colorations, l’acquisition se faisant souvent en noir/blanc).

    Avez-vous visionné les vidéos Fleury ? Je suis en train de les annoter pour les pauvres d’esprit, ou ceux qui n’ont pas beaucoup de temps à passer. La nouvelle version sera en ligne en soirée ou demain.

    Je ne cherche pas à construire un champ de vecteur d’écoulement, vous essayez d’en faire autant et je trouve que vous travaillez de façon un peu trop approximative. Moi je me contente d’essayer de décrire un mécanisme qui permettrait d’expliquer le comment les cellules se déplacent, non pas par analogie, mais sur la base de leurs propriétés intrinsèques.
    Et vous savez que je n’ai pris le cas de la gastrulation que comme exemple, pensant que la description des mouvements cellulaires que vous faites était correcte.

    Devant l’évidence j’ai changé d’avis.

    Je pose la question une dernière fois : avez vous des données expérimentales, autres que celles disponibles sur le web, qui montrent le bien fondé du sens et positionnement des flux cellulaires que vous décrivez ? (c’était la première question que je vous ai posée et vous avez omis de répondre simplement, par oui ou non).
    Si oui, ont elles été publiées et où ?
    En absence de réponse je supposerai que c’est « non ».

  3. (effet que vous ne pouvez pas obtenir avec des graidnets chimiques)

    Quelque chose me dit que vous pensez que les gradients des morphogènes sont (a) statiques, et (b) uniquement représentés par des molécules libres à diffuser.
    Ce même quelque chose me dit que vous vous trompez lourdement.

  4. Je compte éviter de perdre du temps en annotant les vidéos, ou en cherchant à obtenir autorisation pour les publier sur YouTube. Sauf si quelqu’un en fasse la demande.
    Soyez sympa, demandez pas🙂

  5. […] les couples de vortexes L2/R2 existaient, et que les cellules épiblastiques se comportent de la façon que Vincent Fleury […]

  6. […] en contradiction avec la façon de présenter de VF sur FAQ19; après l’épisode du positionnement de L2/R2 j’ai nette tendance à me ranger du côté des embryologistes, […]

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