jusqu’au gué

Comme il y en a qui sont un peu durs avec moi (il n’y a pas que l’e-mail les gars, les commentaires sont aussi pour la discussion), que j’explique comment le problème est apparu.

J’ai fait un petit bout de chemin avec les simulations et je m’arrête là, convaincu que d’ici un ou deux ans je pourrais produire un modèle pour mes problèmes en me servant de CompuCell3D. Faudra du boulot pour le maîtriser, mais maintenant que ‘ai vu ce qu’il peut faire je suis pour l’adopter.
Mais je suis arrivé au point où je sais ce qu’il faudra lui donner comme data et je vais bosser plutôt pour les récolter. Donc la gastrulation exit.


Je suis parti des deux schémas de VF, Magnified view of the « limbs », d’une part, et Limb anlagen, d’autre part, les deux présentant les « flux cellulaires ». Je me suis retrouvé à essayer de trouver d’où arrivaient les cellules :st2.jpg

Je ne voyais pas et je ne vois toujours pas d’ailleurs, mais VF dit que plus tard le phénomène est visible. Comme il ne le montre pas il faudra vérifier par ailleurs. Le fait est qu’au moment où je travaillais je ne voyais pas la source de ces cellules qui formeraient L2/R2.

Sur la base de ce qui est publié, j’ai tenté de m’approcher le plus possible de ce que je voyais, comparant d’une part le schéma de VF, d’autre part des schémas posés directement sur la vidéo de Dormann & Weijer :st1.jpg
Bleu pour AV, rouge pour VF; les deux versions que je donne sont l’initiale et celle que j’ai présenté hier.

J’avoue que la deuxième que j’ai tracé m’arrange grandement, parce que j’arrive à la reproduire (tant bien que mal — elle est décalée méchamment, imaginez la à la place de celle plus proche des axes😉 un peu d’imagination, que diable).

Je suis loin de voir les écoulements hyperboliques que VF présente :
schéma des forces
pour l’épiblaste (?) et ce n’est certainement pas au niveau du mésoderme que l’on observerait ce genre de mouvements.

Pour en finir, j’ai rejeté le modèle de Fleury pour garder celui qui se calque sur la vidéo de Weijer, soit-il jusqu’au milieu du gué. Et je suis satisfait jusqu’à ce que je dispose de plus de données :
st6.jpg

And now, for something on the same subject😉

Je en comprenais pas pourquoi certaines de mes cellules au niveau mésodermique faisaient une espèce d’arrêt en plein migration et se stratifiaient de façon bizarre. C’est parce que j’avais mal posé le problème bien sûr !

Donc j’ai repris mes feuilles et j’ai incorporé un gradient de fgf4, issu du PS. Et hop ! les cellules ont commencé à migrer « comme il faut » :
FGF4_8wobeads.jpg
Il y a pas mal de travail pour faire quelque chose de décent et je crains que les mecs de chez Weijer / Glazier n’y soit bien avant moi, mais le pied, que je gardais pour la fin, exprès, c’est que le système admet des « fgf soaked beads » ! Et reproduit des mouvements cellulaires proches de ceux observés in vivo

FGF4_8.jpg

Yeah !🙂

La partie « violette » sur mon schéma montre les cellules stagner, et par hasard j’ai le même code couleur que sur la photo, rouge pour fgf8, vert pour fgf4.
Je n’ai calculé que deux « couloirs » de migration de chaque côté parce que ça prend un temps fou sur ma machine, les résultats viennent de tomber, presque 20 h de run… Me faudrait une bécane plus puissante.

D’ailleurs, les deux photos sont issues de « Cell Movement Patterns during Gastrulation in the Chick Are Controlled by Positive and Negative Chemotaxis Mediated by FGF4 and FGF8, Xuesong Yang, Dirk Dormann, Andrea E. Münsterberg, and Cornelis J. Weijer, Developmental Cell, Vol. 3, 425–437, September, 2002, the same usual suspects. Figure 2, panel B et Figure 5, panel D respectivement.

9 Réponses

  1. Ca devient très design ce blog, intelligent design je dirais même😉
    Tu sais que t’as des beaux beads ?

  2. je ne sais pas pourquoi vous tardez à mettre mon commentaire du précédent post alors je le remets ici :

    tout ça est complètement débile, vous avez superposé des images d’écoulements à des temps différents, les films en a et en d ne sont pas sur la même base de temps, ça vous donne l’impression que les tourbillons sont « à l’extérieur », plus petits que ce que je dis, que je me trompe etc. et ça repart les procès d’intentions et le ton condescendant et méprisant

    Vous êtes nul.

  3. Avez-vous cliqué sur « submit comment » ? je n’en ai pas reçu d’autre que celui-ci depuis un moment, depuis 4:03 très exactement.

    les films en a et en d ne sont pas sur la même base de temps

    Ah ? Je croyais que les 4 panels étaient synchrones. Vais aller vérifier ça.

    Au fait, tant que j’y suis, vous pouvez peut-être m’aider. La dépression que vous décrivez, pour pouvoir soulever une cellule, elle serait produite par quelle vitesse d’écoulement ?

  4. ah d’accord, j’ai dû faire un clic mal -t-à propos
    maintenant vous êtes informé mon dessin de a avec les flèches est correct, c’est votre superposition de d et a qui est fausse

    refaites tous vos derniers posts, ils sont très mauvais pour vous

    vf

  5. « La dépression que vous décrivez, pour pouvoir soulever une cellule, elle serait produite par quelle vitesse d’écoulement ? »

    v>0

    c’est linéaire; à partir de v=0 dès que v est non nul, l’effet peut commencer (comme pour les tourbillons des baignoires, y’a pas de seuil, attention, ce sont ici des tourbillons visqueux=> la contrainte est une contrainte visqueuse et pas inertielle)

    vf

    c’est pas publié.

  6. Il ne faut pas pour ceci qu’il y ait une contrainte de confinement du flux ? Je veux dire, si les cellules peuvent se déplacer latéralement, pourquoi soulever celles du milieux du tourbillon ?

  7. […] les vecteurs sensés représenter les flux cellulaires sur la vidéo de Weijer, il est venu m’accuser de superposer des éléments décalés dans le … Là j’ai eu un doute pendant quelques minutes, puis je me suis dit que si Fleury le […]

  8. Dessin, vidéo, t’es sûr que tu n’a pas raté ta vocation d’artiste ?

  9. […] résultat. Une vraie dépression et non pas un bud comme celui que montre Fleury :qu’il justifie par la viscosité : “La dépression que vous décrivez, pour pouvoir soulever une cellule, elle […]

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