je vois !

Je viens de comprendre où se situait mon erreur. Remerciements à Vincent Fleury pour m’avoir donné un coup de main malgré la piètre opinion qu’il a de moi.

Je reprends l’image que j’ai posté ci dessous mais avec les quatre parties notées de « a »à « d »abcd.jpg
version originale « grand format »

En dehors du schéma déjà présent sur son site (en « c »), on voit deux images ou VF a porté le sens des flux cellulaires, « a » et « d ». J’ai commencé avec « d » parce que c’est là où l’on voit le mieux ce dont il parle, les vecteurs étant superposés aux images en fluorescence cumulée et le sens des mouvements étant donné par les quelques derniers pixels en « vert » au bout des trajectoires en « jaune ». Comme promis j’ai tracé les vecteurs et le résultat est :

pourvekris-d_vecteurs.jpg

J’ai placé l’original et le résultat côte à côte pour qu’il n’y ait pas des malentendus, les vecteurs symbolisant les flux cellulaires étant en rouge, les deux axes correspondant à ceux du schéma « a » en bleu. J’ai ensuite positionné les vecteurs sur l’original de LR la frame 208 de Movie 11 de Weijer. Ca donne :

pourvekris-bd_vecteurs.jpg

On voit nettement mieux les deux vortex L1/R1 et la fuite des cellules en L2/R2.

J’ai ensuite repris le même positionnement sur les autres quadrants.

pourvekris-vecteurs_weijer.jpg

Et c’est là où ‘ai enfin compris. En fait je tentais de visualiser L2/R2à l’intérieur de la poire ! Ils sont à l’extérieur tout simplement. Et les flux sont la suite de L1/R1 divergent vers l’extérieur. Je cherchais des cellules qui convergeaient !

Vincent Fleury semble également avoir déplacé son schéma entre « d » et « a ». Et pas que de quelques pixels. Pour positionner correctement et sans ambiguïté, j’ai pris deux repaires, visualisés par des contours en bleu ciel, sur l’image « a », qui donne :

a_position.jpg

En positionnant ainsi sur le panel UL de Weijer on obtient :

a_enplace.jpg

On voit clairement le décalage entre les vecteurs tracés en « d » et les vecteurs que VF proposait en « a ». En agrandissement :

difference.jpg

J’ai commis la même erreur, cherchant des cellules qui participaient à la « poire ».

Reste un dernier point. Il s’agit là de mouvements cellulaires au niveau de l’épiblaste, j’ai vérifié. Je vois mal comment ils participent à la formation des membres d’une part et par ailleurs je ne retrouve pas vraiment les vortex que VF voit en tant que « L2/R2« .
comp1.jpg

A la partie caudale de la « poire », je vois des mouvements cellulaires de fuite vers l’extérieur plutôt qu’une convergence. J’aurais proposé le schéma bleu :

propos.jpg

Et après réflexion, les cellules qui partent vers l’extérieur étant issues des vortex qui encadrent le PS, j’aurais tracé ainsi :

propos1.jpg

Et pour être plus clair :
propos2.jpg

10 Réponses

  1. […] d’oeufs ou comment évoluer sans gêne « dessiner “mouton” je vois ! […]

  2. oui, c’est ça, tout cela est expliqué en détail dans mes papiers,
    je trace une croix latine pour pouvoir faire un calcul analytique, exact, de l’écoulement, mais formellement c’est un arc, comme vous l’avez tracé, cette nuance est expliquée dans mes articles, et dans mon livre, ce qui compte, c’est la topologie au niveau du nombril présomptif,

    j’ai proposé également un formalisme magnétique pour le calcul plus arrondi, basé sur un solénoïde en arc (voir mes conférences sur mon site)

    attention: le mouvement continue, ces images sont arrêtées au milieu du gué, si j’ose dire, et ça va s’enrouler encore plus; en s’enroulant davantage la partie s’enroulant vers le bas génère les limites du sacrum, et la partie s’enroulant vers le haut, la plaque latérale.
    En fait, ça génère plutôt la cage thoracique (partie dorsale au centre), et la plaque latérale est liée à un flambage dans le vortex qui ramène contre le corps le pli formant le coude et le bras. La plaque latréale s’étend ensuite en forme de bras etc. voir mon site

    Mes calculs sont approchés, mais, dans les approximations, ils sont exacts et permettent de comprendre l’enroulement, et les relations des mouvements entre eux

    prenez garde que je décris le champs de déformation dans le milieu, le « matériau » blastula; ce n’est pas directement relié à la vitesse des cellules individuelles, telles qu’elles l’auraient sur le fond d’une boîte de petri; si il y a un vortex avec des cellules qui exercent une force, ça bouge ailleurs, même sans que les cellules ailleurs aient un mouvement propre par un simple effet de reciculation visco élastique. le champ que je décris est le champ taux de déformation dans la balstula, calculé par les lois fondamentales de la dynamique. Personne n’avait jamais fait ça.

    par ailleurs, le calcul que vous citez est purement 2D, mais on peut traiter le repliement vers le mésoderme et l’écoulement dans le mésoderme, exactement, dans les mêmes hypothèses (voir l’autre papier d’organogenesis, qui donne un calcule exact d’écoulement sur l’epiblaste et le mésoderme, très proche de ce que vous avez dessiné plus haut).

    Le point important est que ces flux s’obtiennent SANS AUCUN GRADIENT, en suivant simplement l’écoulement dans son mouvement. Donc ok, des gradients, peut-être mais ce sont des nuances

    je vous rapelle que vous êtes censé tenir un clandé où l’on présente des articles « en contradiction » avec mes travaux

    il serait temps de modifier votre raison sociale

    vf

  3. Monsieur Fleury,

    On ne peut appeler bêtement un blog public un clandé. Ah si, vous venez de le faire.

    On ne peut pas non plus rester sur le descriptif approximatif qui ignore sciemment des résultats expérimentaux. Ah si, vous le faites.

    On ne peut dire que je travaille le problème en 2D en utilisant un logiciel de simulation 3D, CompuCell3D. Ah si, ça aussi vous l’avez dit.

    On ne peut tracer des vecteurs au petit bonheur en disant que ça colle avec les images obtenues expérimentalement en ayant changé de structure anatomique. Si, vous le faites, ça aussi.(voir décalage entre « d » et « a » de votre contribution)

    Et n’oubliez pas, si vous avez des résultats expérimentaux supplémentaires, à ceux de Weijer par exemple, vous êtes le bienvenu pour nous les montrer. J’insiste un peu, des résultats expérimentaux, pas des essais de description approximative.

    Je vous reviendrai avec les mails que nous avons échangé ces derniers jours, puisque vous m’avez autorisé à les publier. Le temps de prendre quelques notes et de commenter certains passages un peu plus que je ne l’ai fait en vous répondant directement.

  4. « On ne peut dire que je travaille le problème en 2D en utilisant un logiciel de simulation 3D, CompuCell3D. Ah si, ça aussi vous l’avez dit. »

    non non, je parlais de moin calcul à moi, dans organogenesis, depuis j’ai traité le repliement et ce qui se passe dans le mésoderme

    faites bien attention à ceci :

    ce n’est aps très nécessaire de faire un calcul avec 100 000 cellules, une fois que vous avez l’expression analytique de l’écoulement il y a une invariance d’échelle au voisinage du point de stagnation qui vous donne la solution analytique à toutes les échelles,
    en fait, si vous résolvez le champ de déformation cré par une cellule, vous avez immédiatement une image du champ partout en prenant deux cellules tête bêche (voir mon livre etc.)

    c’est des maths, les maths, quand ça marche c’est d’une puissance folle

  5. Le problème avec votre approche est que ce n’est qu’une analogie, qu’il s’agisse de « fluide » ou de « champ magnétique », qui ne tient pas compte du comment les cellules se déplacent (vous savez bien, en se servant de leur filopodes, suivant leur chimiotactisme) et donc est incapable de tenir compte des modifications physiologiques induites par les changements d’expression du génome.

    L’essentiel des articles consignés ici rapportent des cas que vous ne pouvez pas traiter. Comme vous dites les maths quand ça marche c’est d’une puissance folle, mais encore, il faut poser le problème correctement.

  6. […] Oldcola clearly designed the cell trajectories, and proposed the schema of fig 9b, at his first comment:. […]

  7. […] us four vortices, each causing the budding necessary to form a limb. But this late hypothesis, implicating four vortices, isn’t presented in this paper. I haven’t see it in another of Fleury’s papers; […]

  8. […] of Weijer’s et al. time-lapse movie as the one Fleury used to position the missing vortices two years ago [fr but the images are […]

  9. […] of Weijer’s et al. time-lapse movie as the one Fleury used to position the missing vortices two years ago [fr but the images are […]

  10. […] migrated from one stage of development to another, don’t look very much as any vortex I knew about and certainly aren’t any of the 2D […]

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