dessiner « mouton »

Elle m’a demandé de lui dessiner un « mouton », je me suis mis à dessiner un poulet et je vais m’y attacher jusqu’à ce que ça ressemble vraiment à un… poulet.

J’avais un problème avec le schéma proposé par VF, qui persiste, je reviendrais dessus plus loin, mais je me suis débrouillé avec des données du labo de Weijer, plutôt pas mal. J’ai une ébauche de modèle de migration suivant deux gradients des cellules mésodermiques qui présente une particularité que je dois vérifier dans la biblio avant de poursuivre. Ces satanées cellules ont l’air de se stratifier en partant du PS d’une façon qui ne me plaît pas beaucoup🙂

En fait, pour joujou #5, j’avais inclus un troisième gradient, au niveau du HN, que j’ai abandonné, deux gradients étant suffisants pour décrire le niveau « mésoderme ». Ce n’est pas qu’il n’est pas nécessaire pour l’ensemble…

En partant de la figure 2 (chapitre 22, Gastrulation: From cells to embryo) j’ai fait deux séries d’essais, avec 3 (gauche) et 2 (droite) gradients.

mp001.jpg
Superposé le schéma adapté des données de Weijer, à droite. En bleu ce qui se passe au niveau de l’épiblaste, en rose le niveau des cellules mésodermiques et l’hypoblaste n’est pas visible, caché par les gradients. En rouge le passage sous l’épiblaste (ingression). Les mouvements des cellules mésodermiques sont modélisables en suivant les frontières de concentration de deux « morphogènes », représentés en tant que gradients « bleu » et « rouge », les cellules « optant » pour des « couloirs » correspondant à leur niveau d’entrée. Il est évident que ceci change suivant l’évolution du PS, ainsi les courbures des couloir sont variables en fonction du temps (et je parierai pour des changements temporels des gradients morphogènes également).

Entre vision d’artiste et calcul il y a des différences, mais comme ce ne sont que des schémas je m’en contenterai pour l’instant.
mp002_3.jpg
En A donc la vision d’artiste et en B le résultat du calcul, où l’on voit en partie haute les flèches se poursuivre jusqu’en périphérie, en partie passe s’arrêtant à mi-parcours. C’est ici que j’ai un comportement bizarre ! Si je pousse ma simulation sans intervenir, et en tenant compte de la régression du PS au cours du temps, j’obtiens une « stratification » des cellules mésodermiques, qui semblent s’étager en fonction de leur position le long du PS comme si les plus caudales s’éloignaient plus rapidement du PS, ce qui contraint celles plus proches du HNà y rester. Drôle de distribution, probablement due à l’un des défauts de mon « détecteur de morphogènes »🙂

La figure ci-dessous présente les deux types de circulation au niveau de l’épiblaste portant les cellules vers le PS.
mp004_6.jpg
Si je comprends bien le schéma en (C) correspondrait à ce qui se passe en premier temps, le schéma en (D) ayant une composante supplémentaire, montrée en rouge en (a). Je garde les deux sous le coude, rien ne changeant au niveau de la migration des cellules mésodermiques, seul le pattern au niveau de l’épiblaste changeant. En insert, le schéma de Vincent Fleury que je ne comprends pas, pour une première comparaison. La ressemblance ne crève pas les yeux. Regardons ça de plus près :

mp008.jpg
J’ai noté l’orientation « C — R », pour caudal — rostral. A droite le schéma de Fleury, à gauche les miens. Encerclés de rose les trois flèches qui me posent problème.

En fait, le sens« 1 » n’est observé ni au niveau de l’épiblaste, ni au niveau des cellules mésodermiques. C’est le sens opposé qui est observé dans les deux niveaux.

Le sens« 2 » correspond au schéma que j’ai noté « late » sur la figure précédente, mais uniquement à la partie épiblastique.

Le sens« 3 » n’est pas visibles dans les vidéos que j’ai vu jusqu’à présent et je n’arrive pas à le situer.

Donc, ce ne sont pas les mouvements au niveau de l’épiblaste, certainement pas au niveau des cellules mésodermiques. Je ne vois pas à quoi ce schéma correspond et ça m’énerve. Avouez qu’il y a de quoi🙂

En positionnant le tout sur une image sortie d’une des vidéos de Weijer (frame 170, of supplementary material, Movie 11, Imaging of cell migration, Dirk Dormann and Cornelis J Weijer). Des quatre « panneaux » proposés dans la vidéo j’ai retenu Upper Left (UL) et Lower Right (LR)mp009.jpg

J’ai tourné le tout pour retrouver l’orientation des figures ci-dessus. J’ai superposé mon schéma « early ? » et le schéma de Fleury, en cherchant ce qui ne va pas. Si vous regardez la vidéo vous verrez que les sens« 1 », « 2 » et « 3 » ne correspondent pas aux mouvements cellulaires. Mais, ici ne sont visibles que les mouvements de l’épiblaste, si je ne me trompe pas. Le forme « classique » est dessinée en bleu ciel (mal je sais, pas la peine de faire des commentaires désobligeants, je déteste dessiner à la souris).


addendum Agathi
vwvsvf.jpg
J’ai agrandi la superposition : à gauche le schéma d’OldC basé sur les données de Weijer, en rose ce qui se passe entre epi et hypo blastes, en noir ce qui se passe au niveau de l’épiblaste; à droite le schéma de Fleury, avec en vert ce qui colle et rouge ce qui ne colle pas.

tu dessines vraiment mal avec la souris😛

J’ai éclaté et annoté le schéma de Fleury, avec l’espoir qu’il nous dira à quoi chaque partie correspond :svfa.jpg

Ne sachant pas l’origine des mouvements montrés, ni le niveau, j’ai coloré 5 parties et je les ai nommées de l’initiale (partie basse) de la couleur correspondante (partie haute). J’ai gardé la même orientation.

En espérant que Fleury voudra bien donner la légende de ce schéma, adapté de Cellular Flows, en utilisant une notation simple, du genre X: (niveau, [précoce|tardif], référence, [figure|vidéo]).

En attendant, je vais fignoler le modèle de migration suivant deux gradients.

Madame est-celle satisfaite de son « mouton » ?En plus elle est pressée, à croire que je n’ai que ça à faire de mes journées, lui dessiner des « moutons » !

8 Réponses

  1. hey ! c’est un mouton que je voulais

  2. Le mouton de Madame est au courrier, pour qu’elle patiente un aperçu (adapté de). Ou alors Madame peut aller le chercher à sa boîte aux lettres.

    Madame commence à être laxative avec ces histoires de petite princesse. Et elle risque d’énerver VF en éditant mes posts,elle n’a qu’à faire les siens😛

  3. pour les malheureux qui ne savent pas extraire une image d’une vidéo, la frame 170 de la Movie 11 ici. Si mon souvenir est bon pour avoir la même orientation que ci-dessus une rotation de -55° ou -56°

  4. bonjour

    je m’étais juré de ne plus venir interagir avec vous mais bon,

    vous êtes tellement proches du résultat, et j’ai un tel amusement à vous voir refaire la démarche qui a été la mienne il y a plusieurs années que je vais vous donner un coup de pouce:

    je crois que c’est le film 11 qui vous plaît, bon très bien regardez bien l’image en bas à droite celle en fluorescence

    désolé, moi je sais pas mettre des images dans ce schmilblik

    bon allez voir, vous voyez quoi? deux superbes tourbillons ,ceux que vous avez indiqué comme étant conformes à mon modèle, le corps est penché vers le haut à droite et l’axe de l’écoulement suit une pente de 13heures vers 20 heures. Très bien. regardez les filaments fluo, en bas à gauche, ils descendent puis commencent à remonter. L’écoulement global est composé de deux grands tourbillons, qui recirculent autour d’un point hyperbolique de stagnation situé en fait… dans le noir; en bas du point hyperbolique, l’écoulement est dans l’autre sens, et forme deux petites recirculations, qui vont donner le bourgeon caudal, et le haut des cuisses. Les tourbillons du bas sont situés très bas (voir mes articles et mon livre), mais l’écrasement vers le bas induit une recirculation qui forme la petite pointe vers l’arrière qui est le début de la queue.

    désolé de ne pas avoir cité cet article, les miens sont parus avant

    vf

  5. Bonjour Monsieur Fleury,

    Si je suis proche du résultat je suis ravi parce que je ne fais que suivre les modélisations qui sont basées sur les gradients morphogènes et le chimiotactisme cellulaire; le tout bien entendu déterminé par le contenu génique des cellules.

    Je suis désolé,mais vous ne pouvez pas mettre des images, ayant décliné mon invitation à vous inscrire en tant qu’auteur du blog. Si vous pensez vouloir continuer la discussion je pourrais vous en adresser une à nouveau.

    J’ai visionné la vidéo de Weijer jusqu’à la frame 208 (la fin). N’empêche que je ne vois pas les flux cellulaires comme vous les décrivez avec votre schéma Cellular Flows. Une superposition faite par vous ne serait pas un luxe.

    La mienne indique des mouvements cellulaires qui ne suivent pas les deux vortex en dehors de la « poire » et pas fermés. De toute façon on est là au niveau de l’épiblaste, est-ce à ce niveau que vous situez votre schéma ?

    NB si vous voulez présenter ici un schéma sans vous inscrire en tant qu’auteur il suffit de me l’adresser par e-mail.

  6. ah ben merde alors, faut vraiment tout expliquer

    qu’est ce qui se passe dans la zone bleu ciel?

  7. Bonjour VF,
    « zone bleu ciel » ? turquoise (T) peut-être ? Justement, je n’en sais rien, j’attendais une explication ou un schéma ou une liste de correspondance etc.
    Franchement, ça serait tellement plus simple si vous preniez le temps de positionner votre schéma dans le temps et l’espace. Envoyez moi une image et je la poste ici. Faites juste la photo d’un croquis annoté et je fais le schéma correspondant et je le poste ici.
    Je ne dis pas que le schéma est faux, je dis que je ne vois pas comment le positionner, c’est tout.

    Par ailleurs, suite aux échanges e-mail que nous avons eu, je viens de vérifier que Movie 11 et fig 8 du papier de Dormann & Weijer, The EMBO Journal (2006) 25, 3480–3493, doi:10.1038/sj.emboj.7601227, correspond bel et bien aux mouvements cellulaires de l’épiblaste :

    Figure 8 Movement of tissue in the epiblast of a prestalk chick embryo. (A) Bright field image of an HH1 stage chick embryo, with a streak extending halfway over the epiblast. (B) The same embryo as shown in (A) (9 h after transfection with GFP), every white dot is a singe cell in the epiblast. (C) Vector velocity field calculated from a brightfield sequence as shown in (A), the marker bar indicates a velocity of 1 m/min. (D) Traces of the fluorescent cells shown in (B), the traces were calculated over a time period of 6 h, the cell migrate in the direction yellow to green, the green track shows migration over the last hour (see Supplementary Movie 11).

    (emphasis mine)

  8. […] point. Il s’agit là de mouvements cellulaires au niveau de l’épiblaste, j’ai vérifié. Je vois mal comment ils participent à la formation des membres d’une part et par […]

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