problème

Là j’ai un gros problème et je demande de l’aide, parce que je ne comprends absolument pas.

J’étais en train de comparer les schémas de Fleury relatifs à la gastrulation du poulet et les vidéos qu’il nous a indiqué, à gastrulation.org. J’en étais à me dire que je suis vraiment mauvais à ce jeu et j’ai pris la peine de revoir le papier de Lilianna Solnica-Krezel, Conserved Patterns of Cell Movements during Vertebrate Gastrulation, un des premiers que j’ai lu sur la question. Et je suis arrivé à la figure 4, « Conserved patterns of cell movements during vertebrate gastrulation », où les mouvemets cellulaires pendant les étapes gastrula précoce et tardive sont schématisés, pour zebrafish et le poulet. Je me suis concentré au poulet.

chickearlylate.jpg

En regardant attentivement les vecteurs, je me suis dit que ça ne collait absolument pas avec le schéma que Fleury propose sur son site :

fleury_1.jpg
Comme il est symétrique je ne me suis pas embarrassé avec antérieur et postérieur. Ca ne colle pas quand même. Me suis dit que dame Lilianna Solnica-Krezel a mal transcrit le schéma (peut-être) et j’ai été voir sa référence : C.J. Weijer, Chemotaxis in Coordinating Cell Movements in the Chick. In: C.D. Stern, Editor, Gastrulation. From Cells to Embryo., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (2004), pp. 329–340. La bibliothèque étant fermée à cause des vacances, après avoir pesté pendant quelques secondes, je me suis précipité sur le site gastrulation.org pour voir si par chance je ne trouverais pas les figures de Weijer. J’ai trouvé :


d’une part et


d’autre part.

Dame Lilianna Solnica-Krezel ne s’est point trompé donc.

La première image est une série de quatre photos qui montrent les mouvements de régions marquées de la gastrula. La trajectoire est « jaune » et les dernières images, qui correspondraient aux « flèches », colorées en « vert », le tout sur fond sombre. En colorant de même la figure que Fleury nous propose (FAQ25 Punch and Judy (Bordeaux)) et en plaçant des marques « A » et « P » pour antérieur et postérieur, l’orientant de même que les image de Weijer, j’obtiens :

fleury_2.jpg

Or ça ne ressemble pas du tout à ce que Weijer à photographié ! Ce qui me rassure est que je voyais les mêmes mouvements que Weijer décrit.

Reste à savoir d’où Fleury a sorti son schéma. Faudra que je cherche ailleurs que sur gastrulation.org (mais j’y ai regardé en premier parce qu’il en parle tout le temps) et j’avoue ne pas avoir été foutu de trouver ses résultats expérimentaux, à Fleury, montrant que son schéma correspond à une réalité. Je frémis à l’idée qu’il a pu ne pas valider expérimentalement les trajectoires qu’il nous propose.

La question mérite d’être posée :

Monsieur Vincent Fleury,

sur votre site, à la page « Foire aux questions »1, à FAQ25, question présentée ainsi : « FAQ25 Punch and Judy (Bordeaux). Le gène PitX1 n’est exprimé que dans la patte. Quand on l’exprime dans l’aile du poulet, l’aile prend des allures de patte, or votre modèle prédit une symétrie miroir. Qu’est-ce que vous en dites?« , après plusieurs tergiversations, vous dites :

La vraie, la seule question est : [option I] l’établissement des pattes avant et arrière est-elle la conséquence d’une interprétation par les cellules de la plaque latérale d’un niveau-seuil d’un certain morphogène le long d’un gradient antero-posterieur (hypothèse d’information de position représentée par un gradient) ou bien [option II] la conséquence d’une brisure de symétrie unique provoquant un éclatement en quatre zones à recirculations en miroir autour du nombril, ces recirculations provoquant des gradients de pression qui « lancent » les membres. Ce point est le seul qui vaille d’être discuté à ce stade de précision des données, et tout démontre que la seconde assertion est la bonne : les 4 pattes s’établissent ensemble, de par la formation d’un écoulement hyperbolique autour du nombril.

Vous expliquez votre point de vue en affichant une série de schémas, dont, magnifiedlimbs2
où l’on voit des vecteurs tracés à « la main », censés représenter des « écoulements autour du nombril » durant la gastrulation si je comprends bien, aboutissant au schéma limbanlagen.jpg.

J’ai cherché des sources bibliographiques décrivant les mêmes mouvements que ceux que vous modélisez, sans succès; j’ai au contraire trouvé des données de Cornelius Weijer, publiées en « Gastrulation: From Cells to Embryo », qui montrent des trajectoires de mouvements cellulaires en contradiction avec votre modèle (schéma http://www.gastrulation.org/gastrulation_ch22fig2.jpg), schéma issu des observations in vivo, présentées ici : http://www.gastrulation.org/gastrulation_ch22fig1.jpg.

Je suppose que vous disposez de données expérimentales contradictoires à celles de Weijer, qui vous ont permis de valider votre modèle2, mais je n’ai pas su les trouver par les circuits traditionnels de recherche bibliographique (PubMed, même la revue Organogenesis n’y est pas référencée !), ni sur votre site universitaire. Auriez vous l’obligeance de les mettre en ligne de façon à ce que l’on puisse juger de la corrélation entre les données expérimentales et le modèle que vous proposez ? J’attendrai ceci avec impatience avant de prendre contact avec C. Weijer pour lui demander un commentaire.

Bien entendu, si vous avez des commentaires au sujet des différences entre votre modèle et les trajectoires observées par Weijer, qui pourraient m’éclairer, ça serait gentil de les proposer en complément de votre réponse à « FAQ25 » de votre « Foire aux questions ».


[addendum 1]
Partant de la figure 7 de Imaging of cell migration, pour montrer les trois niveaux
W3E.gif
Il semble impossible que le schéma de Fleury soit sur un plan donc.

Reste à voir comment les vortex qu’il présente sont formés, surtout L2/R2.

Par contre les fronts de gradients qui pourraient être suivis « collent » nettement mieux🙂 au niveau des cellules mésodermiques.
avec-weijer.jpg

1 – Foire aux questions

2 – An Elasto-Plastic Model of Avian Gastrulation

9 Réponses

  1. t’as vu le Dormann et Weijet de EMBO 2006, non ?

  2. Oui, si tu fais référence à movie 11 le problème reste qu’il n’y a qu’un seul « couple de vortex ». Ca ne répond pas à la question d’où sortent les deux que Fleury présente.
    Modéliser un vortex en gradients est relativement simple, mais je ne veux pas me lancer à des calculs abscons avant de voir les données expérimentales auxquelles je devrais faire référence.

  3. Tiens, regarde la légende :

    Figure 8 Movement of tissue in the epiblast of a prestalk chick embryo. (A) Bright field image of an HH1 stage chick embryo, with a streak extending halfway over the epiblast. (B) The same embryo as shown in (A) (9 h after transfection with GFP), every white dot is a singe cell in the epiblast. (C) Vector velocity field calculated from a brightfield sequence as shown in (A), the marker bar indicates a velocity of 1 m/min. (D) Traces of the fluorescent cells shown in (B), the traces were calculated over a time period of 6 h, the cell migrate in the direction yellow to green, the green track shows migration over the last hour (see Supplementary Movie 11).

    en même temps que la figure 8 qui est un des plans de la vidéo Movie 11, dont la légende est

    Movie_11_streak formation Upper left panel brightfield image of developing chick blastodisc, the primitive streak forms diagionally from the bottom and extends towards the top. Upper right panel: sequence showing movement of individual GFP transfected cells, every dot is a single cell. Lower left panel: Vector velocity field calculated from the bright field sequence. Lower right panel: cell tracks calculated from the movement of the GFP transfected cells (upper left panel)

    Ce sont des mouvements au niveau de l’epiblaste, pas du mésoderme. Ce sont deux niveaux différents, j’essaie d’en tenir compte, je t’assure que ce n’est pas simple🙂

    Quand on regarde le mouvement sur des embryons non marqués il est possible de confondre ce qui se passe à différent étages. Mais je n’arrive pas à trouver le deuxième « couple de vortex » marqué L2/R2. Fleury va nous l’indiquer.

  4. je comprends de moins en moins son schéma, surtout le positionnement des fléches, tu me fais un « mouton » ?

  5. Je te ferai un « mouton », mais il sera dominical. L’ébauche que j’ai sur mon carnet ne ressemble pas tout à fait au schéma de Fleury, mais elle sera en 3D, au moins du pseudo 3D.

  6. et alors ? mon « mouton » ?

  7. […] Madame est-celle satisfaite de son “mouton” ? En plus elle est pressée, à croire que je n’ai que ça à faire de mes journées, lui dessiner des “moutons” ! […]

  8. […] of all, let’s remind that what we are looking for (#, #, #, #) [this set of links, in fr], is a set of four vortices of […]

  9. […] vortices centered around the navel. You failed to make your point by simply displaying them, since August 18, 2007 when I first tried to understand how those vortices could specify the limbs fields, as you also […]

Laisser un commentaire

Entrez vos coordonnées ci-dessous ou cliquez sur une icône pour vous connecter:

Logo WordPress.com

Vous commentez à l'aide de votre compte WordPress.com. Déconnexion / Changer )

Image Twitter

Vous commentez à l'aide de votre compte Twitter. Déconnexion / Changer )

Photo Facebook

Vous commentez à l'aide de votre compte Facebook. Déconnexion / Changer )

Photo Google+

Vous commentez à l'aide de votre compte Google+. Déconnexion / Changer )

Connexion à %s

%d blogueurs aiment cette page :