FAQ1 suite 1

J’ai été agréablement surprise de la réponse prompte et détaillée de la part de M. Fleury. Egalement par le fait que OldC avait validé ces deux commentaires avant que je n’aie l’occasion de le faire.
Je vais commencer par répondre au deuxième, le plus court. Il est évident que le sous-titre du blog, « évoluer sans gêne » ne comporte pas de faute. OldC est très moqueur et il aime bien les jeux de mots. Quand je lui ai demandé le pourquoi des titre et sous-titre du blog il m’a expliqué qu’il fait référence à Mme Sans-Gêne, ainsi surnommée par Bonaparte. Je ne donnerai pas les raisons de ce rapprochement, dont certaines pourraient être qualifiées de désobligeantes si on ne les envisage pas avec humour, je me contente de dire que j’y adhère sans réserves et que ça m’a fait largement sourire. A OldC d’être explicite, en public s’il le souhaite.

Au sujet de la réponse de M. Fleury il y a beaucoup de choses à discuter. Je l’ai éditée en y ajoutant des balises html pour bien différencier les citations. Du secrétariat en fait, mais je trouve que ça ajoute de la clarté.


Monsieur Fleury,
Je n’ouvre pas un quoi-que-ce-soit anti-Fleury. Tout au plus une discussion publique, pour deux raisons : a) je trouve que la discussion doit rester ouverte et si vous avez souhaité clore celle entamée avec Antoine Vekris j’ai vu que vous souhaitiez défendre votre point de vue sur le Net quand même et b) je me demande quelle est la valeur de votre approche pour la biologie de l’évolution, approche qui se démarque de tout ce qui se fait par ailleurs par les evo-devo.

Je ne vous cache pas, vous devriez vous en douter, que je profite de la proximité provisoire avec Antoine pour discuter du sujet. Nous avons l’habitude de discuter et je prends plaisir à nos discussions, malgré le fait qu’à l’oral il est bien plus brut qu’à l’écrit; je dirais qu’il vous a ménagé et qu’il vous ménage encore aujourd’hui. Parce que, comme il l’a déjà écrit, il pense que vos modèles peuvent se révéler fort utiles, même si ce n’est pas dans le sens que vous présentez.

En demandant les paramètres de la fonction « champ de déformation d’un embryon », je m’attendais à une simple liste des paramètres. Peut-être précédée par une formule.
Je me rends bien compte que ce n’est pas dans les commentaires d’un blog qu’un cours de physique aurait sa place.
Acceptez en retour que même si mes connaissances en physique ne sont pas suffisantes pour comprendre la liste, je peux m’adresser à des biophysiciens/physiciens qui prendront le temps de m’expliquer. Ca a été le cas pour savoir qui était « Forgacs » auquel vous faites référence. J’ai ainsi appris qu’il s’agit de Gabor Forgacs, coauteur de « Biological Physics of the Developing Embryo » et j’ai pu consulter sa bibliographie. A défaut d’une liste de paramètres j’ai une liste d’articles à lire. Il est plus probable que je trouverai quelqu’un de suffisamment galant pour me faire un résumé. Il semble avoir été un pionnier dans le domaine de la simulation de la gastrulation et également une des personnes que vous ne semblez pas apprécier particulièrement, puisqu’il parle clairement de contrôle génétique strict de la morphogenèse ! (DEVELOPMENTAL DYNAMICS 219:182–191(2000), je n’ai lu que l’abstract pour l’instant) Je fais référence à « FAQ12bis ».

Je vous prend au mot quand vous dites que vous allez décrire l’ensemble des formes possibles et j’attends pour voir le résultat. Une question qui pourrait paraître naïve : est-ce qu’une fonction dépendant d’un nombre fini de paramètres donne un nombre fini de résultats comme vous l’écrivez ? La fonction x = y/z ou x, y et z sont des naturels donne une infinité de résultats, non ? Pourtant il n’y a que deux paramètres, y et z. Ou j’ai mal compris « Le nombre est fini, en toute rigueur, puisque les paramètres sont en nombre finis.« .

C’est vrai qu’Antoine insiste particulièrement sur votre mépris de la génétique et de la théorie de l’évolution. Je n’ai pas souvenir que dans de vos contributions sur SLT vous ayez écrit que les gènes ne jouent pas un rôle important en précisant « dans le calcul de la forme adimensionnée« ; si c’est le cas Antoine aurait dû garder la phrase intacte. Je ne veux pas dire que vous avez raison (pas pour l’instant en tout cas), mais la discussion devrait s’orienter différemment. Pourriez vous m’indiquer où exactement vous avez précisez qu’il s’agit de la forme adimensionnée ?
En illustration de votre mépris la phrase « faut pas en faire un plat », au sujet des rôles de gènes dans la définition de la longueur des doigts : si la dite longueur est importante, dans un contexte donné, pour la survie, je vous assure qu’il faudrait en faire un plat ! D’ailleurs, dans « FAQ2 » vous en faites un au sujet du caractère « longueur de patte », pourquoi la longueur des doigts serait moins importante ?

Dans votre réponse il y a une première contradiction, ou manque un élément et ça donne l’apparence d’une contradiction.
« Agitation aléatoire des gènes de morphogenèse » semble être synonyme de « mutations aléatoires des gènes de morphogenèse » et vous admettez que la valeur du paramètre lié, ici le « gonflement », en est tout aussi aléatoire. «  Absolument  » vous répondez à ma question « Est-ce que ça signifie que vous admettez que la nature aléatoire de “l’agitation des gènes de morphogenèse” fait que le “gonflement” sera également aléatoire ? ». Mais quand il s’agit de discuter de « directionalité » (je garderai le terme, qui n’est pas d’un bon français, mais pose une nette distinction avec le « sens » des créationnistes), vous parlez de diffusion. Si la diffusion résulte de mouvements aléatoires des molécules (aléatoire qui n’a rien de commun avec les mutations aléatoires), elle, elle n’est pas aléatoire. Il manque peut-être ce qui vous permet de faire une analogie entre les mutations et le mouvement brownien. Eclairez ma lanterne je vous prie.

La deuxième contradiction est claire et nette, sauf si elle est due à une faute de frappe (ça m’étonnerait). Vous vous dites parfaitement Darwinien, mais vous ne traitez pas de la Sélection ?! En fait vous voudriez traiter de la variété potentielle mais pas de ce qui fait qu’elle puisse persister et vous vous dites Darwinien ? Ca n’a pas de sens. La particularité du Darwinisme est la notion de sélection naturelle en tant que générateur de directionalité dans l’évolution, directionalité qui varie en fonction des conditions de sélection (et finit pas ne pas être vraiment directionnelle).
Vous ne pouvez pas vous prétendre Darwinien et de ne pas traiter de Sélection. Mais il n’y pas non plus nécessité d’être Darwinien, n’en dites pas autant juste pour me faire plaisir : j’accepte volontiers l’existence des non-darwiniens.

Les deux-trois dernier paragraphes de votre commentaire versent dans le Caliméro. Si vous le souhaitez je suis prête à les éditer et éliminer ma réponse également, pour qu’il n’en reste pas trace sur le Net. [edit by OldCola]
La personne la plus contestée par votre approche n’est pas Darwin, c’est Gregor Mendel et la discipline qu’il a fondée, la génétique (sans en être conscient, ni lui, ni ses contemporains, dont Darwin !). Mendel n’était pas américain, ne faisait pas de la génétique (ou alors à son insu) et était loin de croire toutes les conneries qui circulaient (sauf quelques unes au sujet des dieux). Vous êtes peut-être parfaitement Darwinien mais tout aussi, et surtout, parfaitement anti-Mendelien.
Par ailleurs, il est évident que vous ne connaissez pas OldC. Imaginer qu’il puisse être jaloux de quelqu’un pour une idée scientifique est un non-sens, et je vous assure que je le connais bien. Sortez cette idée de votre tête.


Je viens de finir la lecture de « Modeling the Interplay of Generic ad Genetic Mechanisms in Cleavage, Blastulation and Gastrulation » de Drasdo et Forgacs. Comment dire autrement que : j’ai beaucoup aimé !
Avez-vous eu une correspondance avec Forgacs, ou Drasdo ou Newman, tant qu’on y est ? L’avez-vous convaincu du bien fondé de votre approche ? (j’ai pris pour la suite Before programs: The physical origination of multicellular forms, doi: 10.1387/ijdb.052049sn mais je compte bien lire le n° spécial en entier.)


Marquage :, , ,

7 Réponses

  1. Hello,
    J’aimerais que la « plainte du chercheur mal compris » reste en place Agathi. Anyway, je l’ai en archive.
    Pas mal ton « Caliméro », c’est aussi à cause de la coquille ou est-ce moi qui suis moqueur ?😀

    Et bien vu le quasi négationisme face à la génétique.

  2. Bonjour

    je croyais que vous faisiez un site à vous.
    Je préfèrerais vous répondre sur un site à part de M. Vekris.
    Les méthodes de M. Vekris ne me conviennent pas. Il commence même à éditer vos commentaires, vous trouvez ça normal?

    Par ailleurs, si vous faites un site à part, est-ce que vous pouvez faire quelque chose pour que je puisse déposer des images, ce sera plus simple pour vous répondre.

    Les travaux de forgacs, je pensais à son papier sur la visco-élasticité des embryons, vous savez, moi j’ai fait mes travaux tout seul, j’ai découvert ses articles après, par des rapports de referee (sans doute lui-même!)

    Sur le plan philosophique, je ne crois pas que les animaux soient des choses compliquées, et qu’il faut attaquer le pb en se disant « c’est un truc vachement régulé, avec de gènes partout qui induisent ci ou ça en cascade etc. »
    Si on part comme ça, on est mal barrés. Je regarde le problème dans l’autre sens: avec des approximations simples, on fait d’office, d’une certaine façon, des animaux complets et bien formés. C’est donc le signe que c’est pas si compliqué.

    Si Forgacs pense que c’est un mélange subtil de génétique et de mécanique, ok, on pense peut-être la même chose, au fond.

    Concernant mes contradictions, je vois pas. Mendel, Darwin, m’en fous un peu. Ce qui m’intéresse c’est le champ de contrainte. J’ai rien contre Darwin, rien contre Mendel. Si au final il apparaît que je ne suis pas Darwinien, ah bon, ben d’accord, je croyais l’être, vous voyez.

    Pour les doigts ou les pattes, le raisonnement est simple : c’est un peu comme un tapis roulant, ça monte ou ça descend, si la sélection arrête le curseur à une certaine taille, très bien. C’est pas mon problème.

    Le cas particulier de la tête est important car là, l’agrandissement de la tête entraîne un rétrécissement de la mâchoire : le cerveau s’agrandit au détriment de la mâchoire, un avantage cognitif est obtenu au détriment d’un avantage manducatoire, il y a donc un optimum interne lié à la biomécanique et parfaitement Darwinien. Là, la sélection est prise à son propre mécanisme: elle conduit le système tout seul à l’optimum fabriqué par le champ adimensionné.

    « Il manque peut-être ce qui vous permet de faire une analogie entre les mutations et le mouvement brownien. Eclairez ma lanterne je vous prie.  »

    oui et non : le mouvement brownien, c’est ce qui se fait d’habitude faute de mieux, si vous me proposez un vol de Lévy ou une distribution de poisson, j’achète aussi
    le pb est que si vous regardez la soupe biologique et vous imaginez par la pensée le « calcul » de quelque chose comme la viscosité en fonction des paires de bases vous vous apercevez que c’est très compliqué, avec 18 types de collagène, l’acide hyaluronique, les pontages, les enzymes de dégradation etc. etc., vous ne pouvez qu’imaginer une sorte de mouvement brownien : je change une paire de base d’un gène, ça doit avoir un effet stochastique sur l’ensemble de la soupe.

    Mais si vous avez mieux, je revois ma copie.

    à propos de « Pourriez vous m’indiquer où exactement vous avez précisez qu’il s’agit de la forme adimensionnée ? »

    ah la la, allez lire les posts, je parle partout de la forme, de la forme, de la forme, je décris en détail l’exemple du ballon de baudruche, le cou de la girafe, les ailes de chauves souris etc.

    faut pas courser les gens avec des fourches.

    à propos de

     » je me demande quelle est la valeur de votre approche pour la biologie de l’évolution, approche qui se démarque de tout ce qui se fait par ailleurs par les evo-devo.
     »

    j’en suis très content, mais aussi très inquiet, je ne vois pas comment on peut parler d’évolution, sans invoquer ce genre de concept. Je ne m’attendais pas à être aussi hérétique. Je vois bien l’état de stupéfaction hostile dans lequel ça met les gens. COmment c’est possible? Je n’utilise que des concepts de base de biomécanique, les gens qui me lisent ont l’air de tomber de la lune. Même Vekris, qui ironise sur les gels rhéofluidfiants sans se rendre compte de ce que ça implique pour le niveau de ses connaissances.
    Vous même semblez découvrir complètement les choses les plus élémentaires de la biomécanique, je ne vous en veux évidemment pas, mais je ne comprends pas, honnêtement, je ne comprends pas comment on peut parler d’évolution des animaux sans avoir aucune idée de physique des matériaux. Si c’est généralisé comme bagage, ça craint. Ou plutôt, tant mieux, comme ça y reste beaucoup à faire, et y’a des révolutions qui vont arriver à tous les carrefours.

    Lisez, lisez tout ce qui vous tombe sous la main, faites vous aider, et vous verrez, progressivement, tout ce que je dis est parfaitement sensé.

    à propos de :

    « Je vous prend au mot quand vous dites que vous allez décrire l’ensemble des formes possibles et j’attends pour voir le résultat.  »

    vous voulez un abaque avec tous les formes possibles? Là tout de suite?

    Ah bon, mais regardez mon site, y’a déjà plein d ‘exemples, et imaginez ce qui se passe si on poursuit un peu le mouvement. Regardez aussi mon livre. Le concept est général, et bien construit, heuristique.

    à propos de :

    « Une question qui pourrait paraître naïve : est-ce qu’une fonction dépendant d’un nombre fini de paramètres donne un nombre fini de résultats comme vous l’écrivez ?  »

    la fonction mathématique a évidemment une infinité de solutions. Mais les paramètres sont génétiques, donc discrets, donc il y a une structure fine, mais ça peut correspondre à un quasi continuum d’animaux. Pour moi, un chat avec un queue de 10 cm ou de 15cm, c’est un chat. L’important c’est la forme générique : allongé avec un dos, une tête devant et une queue, et potentiellement 0, 2 ou 4 membres,et les 2 devant et les 2 derrière qui tournent à l’envers s’ils sont là c’est général. C’est pas mal trouvé, non? ça pourrait contribuer à clarifier des questions dans l’évolution, honnêtement, vous ne trouvez pas?
    Pourquoi dire que c’est dangereux et une perte de temps?

    à propos de
     »
    je dirais qu’il vous a ménagé et qu’il vous ménage encore aujourd’hui. »

    je ne crois pas. Il considère tout ce que je dis comme « inepte »
    est-ce que c’est ce que ça vous inspire, mes réponses, des inepties?

    à propos de

    « Je ne vous cache pas, vous devriez vous en douter, que je profite de la proximité provisoire avec Antoine pour discuter du sujet.  »

    vous avez tort, vous allez être rapidement intoxiquée par des fausses idées. Par ailleurs, ce n’est pas très bon signe, si vous ne percevez pas l’hostilité constante de ses remarques, et son aveuglement, il me présente constamment des contre exemples, sans même se rendre compte qu’ils abondent dans mon sens (allez voir la chauve souris et chato, il vous montrera le chemin)

    Mes hommages, Madame

    Vincent Fleury

  3. ah j’ai oublié, la méduse.
    Beau sujet, venez travailler avec moi sur les méduses, si ça vous intéresse
    évidemment, c’est le fluide-gel par excellence.
    Y’a pas plus gel que ça (jelly-fish)
    les gels s’écoulent au dessus d’un seuilde cisaillement, prenez de la gelée de méduse avec une seringue, c’est comme du sirop d’érable, à peu près.
    Les embryons pareil. C’est pas une analogie.
    Encore un truc que je ne comprends pas : c’est très connu, tous ceux qui ont disséqué un jour un embryon savent ça.

    Mes hommages

    vf

  4. Bonjour M. Fleury (est-ce que Vincent serait acceptable ?)

    Je ne dispose pas de beaucoup de temps et j’ai prévu un WE pour profiter du beau temps. Je doute que je puisse trouver le temps pour vous répondre, mais je le ferai dès lundi.

    Juste deux petits points avant de courir vers la gare.

    La discussion à votre sujet a commencé avec OldC et je ne pense pas qu’il soit correcte que je la déplace, d’ailleurs vous avez vous-même répondu ici.OldC peut éditer mes posts et commentaires comme bon lui semble, je lui fait entièrement confiance et je trouve ça parfaitement normal, sachant que je peux en faire autant moi-même pour ses écrits.Vous avez tort de croire qu’il considère tout ce que vous dites comme inepte. C’est lui qui m’a parlé du sujet, et de vous, en me disant qu’il était fort intéressant. J’ai l’impression que vous êtes juste un peu (très, trop ?) braqué contre lui. En relisant sa première intervention j’ai eu l’impression qu’il invitait à la discussion et plus à la collaboration qu’à l’opposition. C’est étonnant que vous acceptez de bonne grâce un mélange subtil de mécanique et de génétique de la part de Forgacs, en ajoutant que vous pensez peut-être la même chose, et non pas de la part d’OldC !
    Enfin, je le connais depuis assez longtemps et suffisamment bien pour ne plus craindre d’être intoxiquée et de me sentir à l’aise avec une quelconque intoxication si elle a déjà eu lieu.
    Je vous souhaite bon WE et je vous reviens lundi.A

  5. Madame,

    comprenez que je ne peux pas m’asseoir à la même table qu’un monsieur qui écrit

     »
    Ses extrapolations illégitimes sont certes amusantes, mais clairement une perte de temps et source de confusion dans l’esprit de certains. Ceux qui en profiteront au mieux sont les gens qui font la promotion des pseudo-sciences, l’exemple de première ligne étant des formations comme l’UIP et Jean Staune. JS s’en est déjà servi pour les confs de l’UIP et pour son livre. Il l’usera jusqu’à la corde et lui fera une réputation pas enviable qu’il ne mérite peut-être pas; mais il était prévenu par les participant au forum de SLT qu’il allait être teinté par l’expérience. La biologie de l’évolution, n’ayant rien à voir avec la théorie de VF, n’en bénéficiera ni n’en pâtira pas, si ce n’est en perte de temps pour expliquer pourquoi elle n’est pas concernée. Néanmoins VF représente un danger (connaissant sa susceptibilité je préviens que ce n’est qu’un danger mineur, quasiment insignifiant), celui de boucher momentanément la vue et de faire perdre du temps à des personnes qui auraient investi leur temps de réflexion sur des hypothèses/approches plus pragmatiques et mieux bâties. Sa toxicité n’est due qu’à la compétition pour le temps de cerveau libre investi à l’élaboration de modèles du développement qui tiennent compte de la réalité (bio[logique] et physique).  »

    et qui a dit ailleurs que ma théorie était inepte (c’est de lui).

    S’il vous dit que je fais est intéressant, je vous crois, mais vous devriez aller éditer tous les posts où il dit le contraire

    Si vous voyez un intérêt à lire mon livre et réfléchir à l’évolution de mon point de vue, alors, vous verrez bien que ce n’était pas si dangereux et inepte qu’il ne l’a écrit.

    Mais comme vous souhaitez rester en sa compagnie sur ce site (où figure un club de personnes autorisées à lire des pages spéciales contre moi, moi-même en étant exclu et mis en spam) vous comprenez que je ne puisse poursuive.

    j’aurais voloniters répondu à vos questions sur votre site.

    je ne défends pas ma thoérie, qui n’a pas besoin d’être défendue, mais j’apprécie d’utiliser cette occasion de donner des éclaircissements à ceux que ça intéresse et qui s’interrogent sans a priori

    Recevez mes hommages
    Vincent Fleury

  6. Oh la la ! Si je m’attendais à une telle réponse…
    Non, je ne comprends pas que vous fassiez intervenir vos problèmes avec OldC dans une discussion avec moi.
    Il a accepté de vous laisser la possibilité de contribuer à la discussion en tant qu’auteur de ce blog pour que vous puissiez poster des photos/schémas et vous trouvez moyen de vous offenser en disant que vous êtes exclu !
    Vous avez bien dû recevoir son invitation n’est-ce pas ?

    Vous êtes vraiment de mauvaise foi, au moins sur ce cas particulier. Peut-être OldC a raison quand il dit que vous l’êtes de façon générale. Je continuerai mes notes ici.

  7. où VF nous fait un récital
    Vincent Fleury, pauvre chercheur incompris, qui a tout trouvé tout seul pour s’en rendre compte par la suite que c’était déjà publié (au moins en partie), qui ne défend pas sa théorie mais maintient sa Foire Aux Questions juste pour éclairer les foules, qui accepte ou non une assertion suivant de qui elle émane, qui s’en fout de Mendel et de Darwin, qui ne considère pas la Sélection Naturelle en tant que son problème mais qui veut parler d’évolution, qui n’a toujours pas compris que les critiques concernant Dambricourt concernent non pas ses observations mais l’interprétation vaseuse qu’elle en tire, qui préfère les formulations pas compliquées même si à force d’approximations il se détache de la réalité, qui pense qu’on le course avec des fourches (très romantique !), qui est stupéfait quand on pointe ses insuffisance et il prend ça pour de l’hostilité envers lui, qui du haut de son ignorance de l’évolution biologique ne comprends pas que l’on puisse envisager le domaine sans parler de physique de matériaux, ce Vincent Fleury, quand il a l’occasion de confronter sa théorie sérieusement, sur un espace public, avec des droits d’auteur sur ce blog, fuit encore une fois, prenant comme prétexte ses principes !

    Il est mignon non ?

    Pour info et archivage, le 13 juillet je lui écrivais, associé à une invitation à se joindre au dloale :

    Bonjour,
    Agathi me demande de vous inclure comme auteur à dloale. N’y voyant aucun inconvénient, et peut-être même quelques avantages, je vous adresse cette invitation. Vous disposerez des droits d’auteur, qui incluent également la possibilité de poster des images.
    Au plaisir,
    OldcolaPS Ceci ne signifie pas une reprise de dialogue/échanges entre nous deux

    Il déclina l’invitation évoquant ses principes. Comme lui-même l’a déjà fait remarqué ailleurs, nous n’avons pas les mêmes valeurs.

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